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Biblioteca da teoria do gráfico (rede) para visualização e análise : https://js.cytoscape.org

Descrição

Cytoscape.js é uma biblioteca de teoria gráfica com todas as funcionalidades. Você precisa modelar e/ou visualizar dados relacionais, como dados biológicos ou redes sociais? Se sim, Cytoscape.js é exatamente o que você precisa.

Cytoscape.js contém um modelo de teoria de gráficos e um renderizador opcional para exibir gráficos interativos. Esta biblioteca foi projetada para facilitar ao máximo o uso da teoria dos gráficos por programadores e cientistas em suas aplicações, seja para análise do lado do servidor em uma aplicação Node.js ou para uma interface de usuário rica.

Você pode começar com o Cytoscape.js com uma linha:

var cy = cytoscape({ elements: myElements, container: myDiv });

Aprenda mais sobre as características do Cytoscape.js lendo sua documentação.

Documentação

Você pode encontrar a documentação e downloads no site do projeto.

Roadmap

Versões futuras do Cytoscape.js estão planejadas nos marcos do rastreador de edições do Github. Você pode usar os marcos para ver o que está planejado atualmente para futuros lançamentos.

Contribuir para o Cytoscape.js

Quer se tornar um contribuidor do Cytoscape.js? Você pode contribuir em funções técnicas (por exemplo, recursos, testes) ou não técnicas (por exemplo, documentação, divulgação), dependendo de seus interesses. Entre em contato conosco postando uma discussão GitHub.

Para a mecânica de contribuir com um pedido pull, consulte CONTRIBUTING.md.

Lançamentos de funcionalidades são feitos mensalmente, enquanto os lançamentos de correções são feitos semanalmente. Isto permite lançamentos rápidos de primeira e terceira contribuições.

Citação

Para citar Cytoscape.js em um artigo, por favor cite a edição Oxford Bioinformatics:

Cytoscape.js: a graph theory library for visualisation and analysis

Franz M, Lopes CT, Huck G, Dong Y, Sumer O, Bader GD

Bioinformatics (2016) 32 (2): 309-311 publicado pela primeira vez online em 28 de setembro de 2015 doi:10.1093/bioinformática/btv557 (PDF)

Abstract

Construir dependências

Instalar node e npm. Execute npm install antes de usar npm run.

Instruções de compilação

Executar npm run <target> na consola. Os alvos principais são:

Construção:

• build: fazer todas as construções da biblioteca (umd, min, umd, esm)
• build:min : fazer a compilação não-minificada com dependências agrupadas (para páginas html simples, bom para novatos)
• build:umd : fazer a compilação umd (cjs/amd/globals)
• build:esm : fazer a compilação esm (módulos ES 2015)
• clean : limpar o directório build
• docs : construir os documentos em documentation
• release : construir todos os artefactos de lançamento
• watch : construir automaticamente a lib para depuração (com sourcemap, sem babel, muito rápido)
  • bom para testes gerais em debug/index.html
  • >servido em http://localhost:8080 ou a primeira porta disponível depois disso, com carga de fígado em debug/index.html
• watch:babel : construir automaticamente a lib para depuração (com sourcemap, com babel, um pouco mais lento)
  • bom para testar o desempenho ou para testar navegadores desatualizados
  • servido em http://localhost:8080 ou a primeira porta disponível a seguir, com carga de fígado em debug/index.html
• watch:umd : construir automaticamente o pacote prod umd (sem sourcemap, com babel)
  • bom para testar o cytoscape noutro projecto (com um "cytoscape": "file:./path/to/cytoscape" referência no seu projecto package.json)
  • sem servidor http
• dist : actualizar a distribuição js para npm etc.

Testing:

Os scripts de teste padrão rodam diretamente agasinst no código fonte. Os testes podem alternativamente ser executados em um pacote compilado. A biblioteca pode ser compilada em node>=6, mas o pacote da biblioteca pode ser testado em node>=0.10.

• test : executar todos os testes & linting
• test:js : executar os testes mocha na API pública da lib (diretamente nos arquivos fonte)
  • npm run test:js -- -g "my test name" executar testes somente nos casos de testes correspondentes
• test:build : executa os testes mocha na API pública da lib (em um pacote compilado)
  • npm run build deve ser executado antes em uma versão recente do nó
  • npm run test:build -- -g "my test name" executa testes de compilação somente nos casos de testes correspondentes
• test:modules : run unit tests on private, internal API
  • npm run test:modules -- -g "my test name" run modules tests on only the matching test cases

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• lint : lint the js sources via eslint
• benchmark : run all benchmarks
• benchmark:single : executar benchmarks apenas para a suite especificada em benchmark/single

Instruções de lançamento

1. Fazer cada lançamento de patch backport antes do lançamento atual correspondente. Isto assegura que npm lista a versão atual como a mais recente.

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2. Certifique-se de que os documentos estão atualizados com a lista de lançamentos em documentation/md/intro.md
3. Atualize a variável de ambiente VERSION, por exemplo export VERSION=1.2.3
4. Confirme que todos os testes estão passando: npm run test (ver também test/index.html para testes do browser)
5. Confirmar todos os testes estão passando no IE9:
   1. npm run watch:umd
   2. Abrir um IE9 VM
   3. Abrir http://yourip:8081/test/ie.html no IE
6. Preparar um lançamento: npm run release
7. Revê os ficheiros que acabaram de ser construídos no passo anterior. Experimente os novos documentos e demos.
8. Adicionar o release ao git: git add . && git commit -m "Build $VERSION"
9. Atualizar a versão do pacote: npm version $VERSION
10. Atualizar as alterações da versão: git push && git push --tags
11. Publicar a versão para npm: npm publish .
12. Criar uma versão para Zenodo a partir da última tag
13. Para lançamentos de funcionalidades: Crie um anúncio de lançamento no blog. Compartilhe o anúncio em listas de discussão e redes sociais.

Testes

Testes Mocha são encontrados no diretório de testes. Os testes podem ser executados no navegador ou podem ser executados via Node.js (npm run test:js).