Relatos recentes indicam que os números populacionais do crocodilo cubano estão mostrando sinais de recuperação; a população no pântano Zapata é estimada entre 3.000 e 6.000 indivíduos.
Existem duas ameaças principais: a caça e a hibridação, especialmente com o crocodilo americano, o que limita o pool genético puro desta espécie. A caça aumentou substancialmente desde os anos 90 até o presente e está servindo principalmente à indústria turística ou para consumo local. Há muito que se suspeita da hibridação, mas esta é mal compreendida. Estudos genéticos recentes fornecem evidências de que a hibridação extensiva está a ter lugar na natureza. Uma população em cativeiro está presente em duas áreas (no Pântano Zapata e no Pântano Lanier), mas também se suspeita fortemente da existência de animais híbridos nestas populações. Nenhuma destas ameaças foi resolvida.
Esta espécie está listada no Apêndice I da CITES. Existem também medidas directas de conservação, incluindo programas de reprodução em cativeiro, reintroduções e áreas protegidas. A caça ilegal continua a ocorrer; portanto, é necessário um maior manejo da colheita para reduzir a taxa de declínio populacional que ocorre atualmente.
Medidas de ação estão em andamento para garantir que ambas as populações existentes permaneçam bem protegidas, mas uma outra importante prioridade de conservação é o estabelecimento de uma população selvagem alternativa.