Reestruturação política
Um grande problema para Gorbachev era que não havia acordo no topo sobre o que perestroika, glasnost, e democratização deveriam alcançar. Os reformadores radicais, Gorbachev, Yakovlev e Shevardnadze, foram superados pelos reformadores moderados, Ligachev, Ryzhkov, e outros. O problema foi agravado por uma aparente falta de clareza no próprio pensamento de Gorbachev. Ele nunca foi capaz de construir um objetivo coerente e os meios para alcançá-lo. As suas frustrações com o vestuário do partido levaram-no a formular uma solução muito radical – a emasculá-lo. Ele queria excluí-lo do envolvimento cotidiano na gestão da economia e acabar com o seu domínio sobre a legislatura estatal e os assuntos partidários. O secretariado tinha sido o cérebro do partido, e todas as decisões chave tinham sido tomadas lá. Gorbachev queria acabar com o domínio dos dirigentes do partido sobre os soviets. Ele conseguiu este feito notável na 19ª Conferência do Partido, em junho de 1988. O partido perdeu assim o seu papel dominante no centro do processo político, mas ganhou a sua vingança sobre Gorbachev ao consolidar o seu poder na periferia, onde os sovietes fracos não estavam à sua altura. Assim, houve um fluxo centrífugo de poder do centro para a periferia. Este processo estava em curso desde a morte de Stalin, e a remoção de Khrushchev tinha sublinhado a influência dos oficiais do partido local. A era Brezhnev acrescentou ainda mais ao fluxo de poder para a periferia.
Eleições para o Congresso dos Deputados do Povo da R.S.U., que substituiu o Soviete Supremo da R.S.U. como o órgão mais alto do poder estatal, teve lugar em março de 1989. Cerca de 88% dos deputados eram comunistas, mas até então o Partido Comunista já não era um partido monolítico. O congresso elegeu de entre seus membros uma legislatura bicameral (chamada de Soviete Supremo), cada casa tendo 271 membros. Gorbachev presidiu aos trabalhos. Boris Ieltsin tornou-se membro do Soviete Supremo, depois que outro deputado se retirou a seu favor. Ieltsin tinha sido demitido como líder do partido de Moscovo e da sua filiação na Politburo em Novembro de 1987, depois de uma furiosa discussão com Ligachev. Gorbachev optou por não o apoiar. Assim começou a luta titânica entre Gorbachev e Ieltsin que iria resultar na destruição política de Gorbachev. Como um deputado Ieltsin teve uma plataforma nacional pela primeira vez e usou-a muito habilmente. O principal foco de seus ataques foram os privilégios partidários, a falta de sucesso da perestroika, a necessidade de reformas de mercado e a crítica pessoal à liderança de Gorbachev.
O novo padrão no topo foi repetido em cada república. Congressos foram eleitos e deles surgiram os Sovietes Supremos. As eleições soviéticas locais também se realizaram no início de 1990 e levaram a muitos choques. Oficiais comunistas, encorajados por Gorbachev, foram muitas vezes derrotados mesmo quando se candidatavam como único candidato. Para ser eleito, um deputado precisava de mais de 50% dos votos expressos. Glasnost permitiu que nacionalidades não russas expressassem a sua oposição ao domínio russo e comunista e levou a um crescimento do nacionalismo e do regionalismo. Isto foi exacerbado pelo declínio económico. Nas repúblicas bálticas, especialmente, muitos argumentaram que podiam gerir melhor os seus assuntos económicos do que Moscovo. As lutas e conflitos inter-étnicos intensificaram-se e, por vezes, resultaram em derramamento de sangue. O conflito em Nagorno-Karabakh, um enclave dominado pelos arménios no Azerbaijão, foi o mais violento e amargo. Os recém-eleitos soviéticos supremos podiam dizer que falavam em nome da população. Isto era especialmente verdade no Báltico. A política multipartidária tornou-se legítima em 1990, quando o artigo 6º da Constituição, que tinha garantido um monopólio comunista, foi removido. Centenas, de facto milhares de associações informais e depois partidos surgiram no clima receptivo da glasnost e da democratização. Frentes populares, mais notoriamente no Báltico, uniram todos aqueles que se opunham ao governo de Moscou e buscavam a independência. Como essas frentes dominaram os Soviéticos Supremos, elas puderam aprovar declarações de soberania. Em Março de 1990, a Lituânia foi mais longe e declarou-se independente. Em Maio de 1990 Ieltsin tornou-se, apesar da amarga oposição de Gorbachev, presidente do Soviete Supremo russo. No mês seguinte, a S.F.S.R. russa declarou-se um Estado soberano. Afirmou que as suas leis tinham precedência sobre as leis soviéticas. Gorbachev considerou isto inválido. Este era o padrão em todas as repúblicas que se tinham declarado soberanas. Era conhecida como a “guerra das leis”. Como consequência, a sobrevivência da R.S.U.S. tornou-se um problema.
Gorbachev logo se cansou da “nova aparência” do Soviete Supremo da R.S.U.S. e lançou sua rede ainda mais ampla em sua busca por um modelo. Ele acabou por escolher uma presidência executiva baseada numa mistura das presidências norte-americana e francesa. Seguindo o costume dos EUA, ele precisava de um vice-presidente. Infelizmente ele escolheu Gennady Yanayev, o líder Kazak Nursultan Nazarbayev e Shevardnadze, tendo recusado o cargo. O Conselho de Ministros da U.S.S.R. foi abolido e substituído por um gabinete de ministros subordinados ao presidente. No papel Gorbachev tinha alcançado a sua ambição: era o principal tomador de decisões e, na verdade, um ditador constitucional. A sua autoridade, ou a sua capacidade de tomar decisões, nunca tinha sido tão elevada. Contudo, o poder que acompanha o cargo de presidente nos Estados Unidos e na França não lhe foi transmitido. Seu poder ou capacidade de ter suas decisões implementadas declinavam diariamente.
O impulso para a reforma veio da parte politicamente ativa do Partido Comunista e da sociedade. No entanto, a oposição à perestroika foi mais feroz entre o mesmo grupo. Os reformadores sabiam que o partido e o aparelho do estado eram mestres do passado no bloqueio de reformas que consideravam contrárias aos seus interesses. A única maneira de passar por uma reforma era usar um aríete. Durante os primeiros três anos Gorbachev lançou uma série de reformas. Cada vez que encontrou oposição dos conservadores do partido, ele recuou e procurou outro caminho para avançar. Segundo Yakovlev, um dos arquitetos da perestroika e seu principal teórico, a revolução vinda de cima atingiu um ponto crítico na 19ª Conferência do Partido, em junho de 1988. Aí Gorbachev foi presenteado com uma escolha difícil: avançar e transformar a perestroika em uma “revolução democrática genuinamente popular, ir até o fim e dar total liberdade à sociedade” ou recuar, continuar sendo um reformador comunista e permanecer dentro do conhecido meio da burocracia. Yakovlev viu vários perigos enfrentados pela perestroika: ela poderia ser sufocada pela reação estalinista ou pelo conservadorismo Brezhnevite, ou ser agredida por oficiais que falam seus slogans enquanto redistribuem o poder entre si. A escolha foi entre democracia genuína ou controlada. No início de 1988, Fyodor Burlatsky era membro de um pequeno grupo sob a presidência de Anatoly Lukyanov. Este último propôs uma abordagem em duas fases para a eleição de um Soviete Supremo. A autoridade legal deveria ser investida nos soviets locais, mas a relação entre o partido e os soviets foi deixada vaga. Burlatsky propôs eleições diretas do Soviete Supremo, presidente e vice-presidente, mas todos se opuseram a isso, exceto Yakovlev. Gorbachev poderia ter feito uma revolução política, mas, fiel à sua estratégia de baixo risco, escolheu a proposta de Lukyanov. Isto foi um erro fatal. Se Gorbachev tivesse concorrido às eleições para presidente, poderia ter ganho. Ele teria então se tornado o presidente do povo. Em vez disso, ele próprio tinha sido eleito pelo Congresso dos Deputados do Povo, um órgão dominado pelos comunistas. Infelizmente para Gorbachev, ele tinha aberto a caixa de Pandora. As forças sociais e políticas despertadas pela perestroika não podiam ser reguladas de cima. Se Gorbachev não as reivindicasse como seu eleitorado, então outros as reivindicariam. O Partido Comunista resistiu à marcha em direção à democracia e perdeu seus membros mais radicais. Eles criaram seus próprios grupos e desafiaram o partido de cabeça erguida. Boris Ieltsin emergiu como o mais provável líder do círculo eleitoral radical. A sua eleição como presidente do parlamento russo em Maio de 1990 provou ser um ponto de viragem para Gorbachev. Ieltsin tornou-se um pólo de atração para os reformadores frustrados, radicais, especialmente econômicos. Os maiores erros de Gorbachev foram cometidos na política econômica.