As mais antigas formas conhecidas de isolamento são as mencionadas no Pentateuco (Bíblia) há mais de 3400 anos, especialmente no caso da hanseníase. Hipócrates e Galen no século V a.C. aconselharam ‘Cito, Longe, Tarde’, que significa ‘ir depressa, ir longe e chegar tarde ao regresso’.
A partir dos séculos XIII e XIV, as formas de isolamento cresceram. Pessoas infectadas foram separadas para evitar a propagação de doenças entre os antigos israelitas sob a lei mosaica, como estabelecido no Antigo Testamento.
Veneza tomou a liderança em medidas sanitárias para controlar a propagação da peste, tendo nomeado três guardas de saúde pública nos primeiros anos da Peste Negra (1348). A palavra ‘quarentena’ tem origem na frase italiana quaranta giorni, que significa ‘quarenta dias’. Seu uso com navios determinou seu nome, embora não se baseie em uma razão científica. Para a maioria das doenças o período de incubação é inferior a quarenta dias com algumas excepções como a mononucleose infecciosa ou o Kuru.
Na era actual, o medo de contaminação no regresso da Lua (uma contaminação interplanetária) foi a principal razão para os procedimentos de quarentena adoptados para o primeiro programa de missão do Programa Apollo. Astronautas e amostras lunares foram colocados em quarentena no Laboratório Receptor Lunar. Da mesma forma, para amostras de uma futura missão de retorno a Marte, existe um protocolo de quarentena para qualquer amostra de Marte, que seria realizada num laboratório de biossegurança de nível 4, conhecido como Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).
O Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF) é a única instalação de quarentena em Marte.