Alzheimer’s disease (AD) is the most common neurodegenerative disorder worldwide, but its etiology is still not completely not understood. A identificação dos mecanismos patológicos subjacentes está se tornando cada vez mais importante para a descoberta de biomarcadores e terapias, para os quais a metabologia apresenta um grande potencial. Neste trabalho, estudamos alterações metabólicas em diferentes regiões cerebrais dos ratos APP/PS1 utilizando uma abordagem metabólica de alto rendimento baseada na combinação de cromatografia gasosa – espectrometria de massa e cromatografia líquida de ultra-alto desempenho – espectrometria de massa. As estatísticas multivariadas mostraram que as perturbações metabólicas são generalizadas, afetando principalmente o hipocampo e o córtex, mas também estão presentes em regiões não primariamente associadas à DA, como o estriato, o cerebelo e os bulbos olfativos. As múltiplas vias metabólicas podem estar ligadas ao desenvolvimento de distúrbios do tipo AD neste modelo de rato, incluindo o metabolismo anormal da purina, falhas bioenergéticas, dishomeostase de aminoácidos e distúrbios nos lipídios de membrana, entre outros. Curiosamente, alterações específicas da região foram observadas para alguns dos potenciais marcadores identificados, associados com composição anormal de ácido graxo de fosfolipídios e esfingomielinas, ou regulação diferencial de aminoácidos neurotransmissores (por exemplo, glutamato, glicina, serina, N-acetil-aspartato), não descritos previamente ao nosso conhecimento. Portanto, estes achados poderiam fornecer uma nova visão da patologia cerebral na doença de Alzheimer.