SRA

Detalhes da submissão

Registar um estudo e assuntos com dbGaP

Uma visão interativa da submissão do dbGaP pode ser encontrada aqui.

O pacote de documentação da submissão do dbGaP pode ser baixado [aqui.

Todas as questões relativas a esta etapa de submissão devem ser direcionadas para [email protected].

SRA: Submeter metadados sequenciais ao Curador do SRA

Contate a equipe do SRA em [email protected] e forneça o acesso do seu estudo (phs######) na linha de assunto (isso ajudará a atribuir o seu problema à pessoa certa) e o SRA fornecerá uma planilha de metadados sequenciais para você completar e retornar.

A coluna de amostra da planilha de metadados sequenciais será pré-preenchida com seus identificadores dbGaP (a adesão do estudo e as IDs de amostra do dbGaP). Você precisará preencher a planilha com os detalhes técnicos necessários e os nomes e checksums MD5 dos arquivos sequenciais que você estará carregando

Por favor note que cada library_id deve ser único, o título deve permitir aos usuários identificar e distinguir suas sequências, e a descrição do projeto deve ser um material e métodos curtos (1 a 3 frases) descrevendo como a biblioteca foi preparada e sequenciada. Instruções e descrições adicionais são fornecidas na planilha. Por favor, forneça a descrição do projeto como texto de linha única sem novas linhas ou caracteres especiais.

SRA: Transferir arquivos de sequências para a conta protegida SRA

Um Curador SRA ajudará com o upload do arquivo uma vez que a planilha de metadados de sequências tenha sido completada e devolvida.

Carregar os arquivos de dados apenas para a conta de upload fornecida a você após completar a planilha de metadados.

Terá de:

1. Gerar um par de chaves ssh.
2. Fornecer o ficheiro de chave pública (por exemplo, *.pub) ao NCBI.
3. Utilizar ascp para transferir ficheiros.

Os submissores devem utilizar o programa de linha de comandos ascp da Aspera para transmitir os ficheiros de dados. ascp está empacotado com Aspera Connect, que está disponível a partir da página de download aqui: Aspera Connect Downloads.

Este programa é de livre utilização para os remetentes que transmitem dados de e para o NCBI. Verifique com a sua equipa de rede local para assegurar que a transferência UDP está activada para o seguinte intervalo de IP: 130.14.\*.\* e 165.112.\*.\*. O firewall também deve permitir a saída de tráfego ssh para a NCBI.

Pares de chaves ssh

Os submetedores precisarão gerar pares de chaves para usar a conta de upload Aspera (veja instruções abaixo para criar um par de chaves em diferentes sistemas operacionais).

Enviar apenas a chave pública para o Curador SRA que está auxiliando no momento para receber acesso à conta de upload [email protected].

Linux/Unix e OS X

Linux/Unix e OS X usuários podem usar o utilitário de linha de comando ssh-keygen.

A seguinte linha de comando cria uma chave privada (mykey) e uma chave pública (mykey.pub) no directório de trabalho actual:

PuTTYgen para Windows

Instruções para descarregar e usar o PuTTYgen para geração de pares de chaves podem ser encontradas no guia mais detalhado aqui: Aspera Keys.

Utilização de linha de comando Aspera

Após a sua chave ter sido adicionada e ter-lhe sido concedido acesso, pode carregar os seus ficheiros através de ascp.

Um exemplo ascp comando para uploads dbGaP:

Onde:

• <directory> é ou test ou protected.
• <key file> é um ficheiro de chave privada (deve ser usado o caminho completo).

Não definir a opção -T para transferências protegidas.

Confirmar recepção de dados

Após todos os ficheiros e metadados terem sido carregados, por favor confirme com o seu Curador SRA que a parte SRA da sua submissão dbGAP está completa. O curador pode fornecer um relatório dos arquivos que foram carregados. Há também um relatório noturno por amostras fornecidas no site do dbGaP. Altere a adesão phs000000 no endereço abaixo para o seu estudo para o relatório. Para o relatório no formato XML altere rettype=html para rettype=xml.