Aktivisten Paton
Diepkloof Reformatory, strax utanför Johannesburg, hade förvaltats som ett fängelse för brottsliga ungdomar från slummen snarare än som en institution för deras rehabilitering. Paton insisterade på att detta motverkade syftet med uppfostringsanstalten. Han införde reformer som gjorde det möjligt för en del av ungdomarna att återfå sin självrespekt. Att han beviljade helglov ansågs vara revolutionerande. Till vissa av hans kollegers förvåning återvände de flesta av pojkarna efter ledigheten.
Paton började skriva Cry, The Beloved Country 1947 när han reste runt i amerikanska och europeiska fängelser och uppfostringsanstalter. År 1948 publicerades Cry, The Beloved Country och blev en omedelbar succé. Samtidigt återkom det övervägande afrikanska nationalistiska partiet till makten med apartheidparollen att de vita måste förbli herrar i Sydafrika. För Paton och de som delade hans åsikter räckte det inte för vita liberaler att predika rasförsoning; de var tvungna att aktivt engagera sig i oppositionen mot apartheid. I början av 1950-talet deltog han i bildandet av Liberal Association, som senare blev Liberal Party of South Africa (SALP). Han valdes till dess ordförande 1953 och stannade kvar på denna position tills regeringen antog en lag som gjorde partiet olagligt.
SALP välkomnade sydafrikaner av alla raser i sina led och strävade efter att etablera ett öppet samhälle där meriter skulle fastställa individens ställning i nationens liv. Den förespråkade icke-våld och satte sig för att samarbeta med de svarta afrikanernas politiska organisationer. Liksom de flesta av SALP:s ledare kritiserades Paton bittert i den afrikaanska pressen för att han identifierade sig med svarta afrikaner. Den underliggande rädslan var att han och hans kolleger skapade potentiellt farliga polariseringar i det vita samhället.
Partiet fick dock en betydande anhängarskara bland både svarta och vita. År 1960 beslutade regeringen att vidta åtgärder mot det. Peter Brown och Elliot Mngadi, SALP:s nationella ordförande respektive sekreterare i Natal, förbjöds. Några av partiets ledare flydde landet, medan andra, som Hyacinth Bhengu och Jordan K. Ngubane, arresterades och ställdes inför rätta på grund av anklagelser om konspiration. Paton slapp arresteringarna och förbudet. Regeringen beslagtog dock hans pass när han återvände från New York efter att ha tagit emot Freedom House-priset som hedrade hans motstånd mot rasism. Efter lite mindre än tio år lämnade regeringen tillbaka Patons pass. Detta gjorde det möjligt för honom att genomföra en världsturné (1971) under vilken han överöstes med utmärkelser i Amerika och Europa.