Apolinario Mabini föddes i Talaga, Tanauan, Batangas, den 22 juli 1864. Hans föräldrar tillhörde den fattiga bondeklassen. Han studerade vid Colegio de San Juan de Letran 1881 och vid universitetet Santo Thomas, där han tog juristexamen 1894. Under denna tid försörjde han sig genom att undervisa i latin och sedan arbeta som kopist vid förstainstansrätten i Manila.
År 1896 insjuknade Mabini i en sjukdom, troligen barnförlamning, som berövade honom bruket av sina ben. När Katipunan-revolten bröt ut i slutet av samma år arresterade de spanska myndigheterna honom. Mabini, som många inte kände till, var redan medlem i José Rizals reformistiska förening Liga Filipina. Och även om han som pacifistisk reformist först var skeptisk till Andres Bonifacios väpnade uppror, blev Mabini senare övertygad om folkets nästan fanatiska önskan om frigörelse. Därefter utgav han subversiva manifest där han vädjade till alla filippiner att förena sig mot Spanien.
I maj 1898 kallade Emilio Aguinaldo Mabini till sig för att fungera som hans rådgivare. Mabini formulerade det berömda dekretet av den 18 juni, som omorganiserade det lokala styret under filippinsk kontroll. Hans politik under hela kampen kan sammanfattas av ett uttalande i det dekretet: ”Regeringens första plikt är att troget tolka folkets vilja. ”Mabini bidrog också till att övervaka en korrekt rättskipning, valet av delegater till den revolutionära kongressen och inrättandet av själva mekanismen för den revolutionära regeringen.”
När den revolutionära kongressen sammankallades i Barasoain, Malolos, Bulacan, den 15 september 1898, fann sig Mabini motsatt till den rika bourgeoisins planer på att utarbeta en konstitution. Han ansåg att kongressen, med tanke på de akuta krigsförhållandena, bara hade till uppgift att ge presidenten råd och inte att utarbeta en konstitution. Mabini, som besegrades av majoriteten, lade då fram sin egen konstitutionella plan som byggde på det universella frimureriets stadgar. Den förkastades till förmån för ett sammansatt utkast som lades fram av Felipe G. Calderon och som blev grunden för Malolos-konstitutionen i den första filippinska republiken.
Mabinis konflikt med konspirationen av egendomsägare och godsägarklassen i kongressen ledde till att han 1899 blev förmörkad som Aguinaldos betrodda rådgivare – den enda kompetenta tänkaren och teoretikern i Aguinaldos kabinett. Mabini lyckades avslöja den ondskefulla opportunismen hos Paterno-Buencamino-klicken, som försökte få kontroll över och dra nytta av den revolutionära regeringens finansiella transaktioner. När Aguinaldo-lägret flydde från de framryckande amerikanska styrkorna tillfångatogs Mabini den 10 december 1899. Han vägrade fortfarande att svära en trohetsed till den amerikanska regeringen och fortsatte att stödja rebellerna i deras ideologiska kamp, men deporterades till Guam 1901. Han dog den 13 maj 1903.
Mabinis huvudverk, La Revolution Filipina, en genomtänkt analys och övertygande argumentation om de ideologiska konsekvenserna av revolutionen mot Spanien och motståndet mot de amerikanska inkräktarna, avslöjar den progressiva och demokratiska impulsen bakom hans tänkande. Han försökte alltid medla mellan folkets vilja och ledarnas beslut. Han var en osjälvisk och hängiven patriot.