Systemets inrättande
Förfäderna till Tokugawa Ieyasu, grundaren av Edo bakufu, var Matsudaira, en Sengoku daimyofamilj från bergsregionen i Mikawa-provinsen (i det nuvarande prefekturen Aichi) som hade byggt upp sin bas som daimyo genom att gå in på Mikawa-slätten. Men när de attackerades och besegrades av den mäktiga familjen Oda från väster dödades Ieyasus far, Hirotada. Ieyasu hade tidigare skickats till familjen Imagawa som gisslan för att cementera en allians, men hade tagits till fånga på vägen av familjen Oda. Efter faderns död skickades Ieyasu till familjen Imagawa och tillbringade tolv år där i fångenskap. När Oda Nobunaga 1560 förintade Imagawa-familjen i slaget vid Okehazama och därmed inledde sin enhetsresa, släpptes Ieyasu äntligen fri. Ieyasu återvände till Okazaki i Mikawa och förde denna provins under sin kontroll. Som Odas allierade bevakade han baksidan inför framryckningen mot Kyōto, och han utkämpade därefter sina egna militära kampanjer och avancerade stadigt österut. År 1582 var han en mäktig daimyo som förutom sin hemprovins Mikawa ägde de fyra provinserna Suruga och Tōtōmi (nuvarande Shizuoka prefektur), Kai (Yamanashi prefektur) och södra Shinano (Nagano prefektur).
När Hideyoshi grep makten motsatte sig Ieyasu till en början honom. Men han underkastade sig sedan, och efter att ha stigit till den mäktigaste daimyo bland Hideyoshis vasaller blev han chef för de fem tairō (ledande ministrarna), de högsta ämbetsmännen i Hideyoshis regim. Efter Hideyoshis död splittrades daimyoerna mellan dem som stödde Hideyori och dem som stod på Ieyasus sida. Frågorna ställdes på sin spets i slaget vid Sekigahara år 1600, där Ieyasu vann en avgörande seger och etablerade sin nationella överhöghet. Ieyasu hade sett att både Nobunaga och Hideyoshi hade misslyckats med att konsolidera en varaktig regim, och 1603 inrättade han Edo bakufu (mer allmänt känt som Tokugawa-shogunatet ) för att legalisera denna ställning. Genom att anta titeln shogun utövade han fast kontroll över de återstående daimyo vid denna tid. Under förevändning att tilldela belöningar efter Sekigahara, avhände han sig, reducerade eller förflyttade ett stort antal daimyo som motsatte sig honom. Deras konfiskerade landområden gav han antingen till släktingar och Tokugawas familjemedlemmar för att etablera dem som daimyo och öka deras innehav, eller så reserverade han dem som Tokugawas husdomäner. Dessutom reducerades Hideyoshis son och arvtagare Hideyori till daimyo i Kinki-distriktet (Ōsakaområdet). Två år efter upprättandet av bakufu överlät Ieyasu shogunposten till sin son Hidetada och drog sig tillbaka till Sumpu (den moderna staden Shizuoka) för att ägna sig åt att stärka grunderna för bakufu. År 1615 stormade och intog Ieyasu slottet Ōsaka och förintade Hideyori och familjen Toyotomi. Omedelbart därefter promulgerades lagarna för de militära husen (Buke Shohatto) och lagarna för de kejserliga tjänstemännen och hovtjänstemännen (Kinchū Narabi ni Kuge Shohatto) som den rättsliga grunden för bakufu-kontrollen över daimyoerna och det kejserliga hovet. År 1616 dog Ieyasu, efter att successionen redan hade fastställts.
Orion Press, Tokyo
Under den andra och tredje shogunen, Hidetada och hans efterträdare Iemitsu, avancerade bakufu-kontrollpolitiken ytterligare tills bakuhan-systemet – Tokugawa-shogunatets regeringssystem; bokstavligt talat en kombination av bakufu och han (en daimyos domän) – nådde sin fullbordan. Genom omorganisationer 1633-42 var bakufu-regeringens verkställande organ nästan färdigställt, vilket representerades av ämbetena som seniorråd (rōjū), juniorråd (wakadoshiyori) och tre kommissionärer (bugyō) för landets tempel och helgedomar, shoguns huvudstad och bakufus skattkammare. Konfiskeringarna och minskningen av domäner fortsatte, och omfattande överföringar av daimyo ägde också rum, vilket fördelade de strategiska distrikten Kantō, Kinki och Tōkaidō mellan de daimyo som var släktingar till och behöll bakufu, och på så sätt höll de ”utomstående” (tozama) herrarna i schack. Samtidigt som daimyoerna omorganiserades utökades också de landområden som stod under bakufus direkta kontroll på nyckelpunkter i hela landet. De viktigaste städerna – Kyōto, Ōsaka och Nagasaki – och gruvorna (särskilt ön Sado) placerades också under direkt bakufu-administration och användes för att kontrollera handel, industri och näringsliv.
Bakufu reviderade också lagarna för de militära husen och införde ett system som kallades sankin kōtai (alternativ närvaro), enligt vilket daimyoerna var skyldiga att avlägga ceremoniella besök i Edo vartannat år, medan deras fruar och barn bodde permanent i Edo som gisslan. Systemet tvingade också daimyorna – särskilt de potentiellt farliga tozama som bodde längst bort – att spendera stora summor pengar för att stödja två separata administrativa strukturer och resor till och från Edo. Dessutom tvingades daimyoerna att hjälpa till med sådana offentliga arbeten som byggandet av slott i bakufu-domänerna, och på så sätt hölls de i ekonomiska svårigheter. Tokugawa bakufu-domänerna uppgick nu till mer än sju miljoner koku – ungefär en fjärdedel av hela landet. Av dessa områden stod mer än fyra miljoner koku under dess direkta kontroll, och tre miljoner koku fördelades mellan hatamoto och gokenin, bakufus länsvassaler. Eftersom bakufu förklarade sig ha monopol på utrikeshandeln och ensam hade rätt att ge ut valuta hade den dessutom betydligt större ekonomiska resurser än daimyoerna. Även i fråga om militär styrka var den också mycket mäktigare än någon enskild daimyo.
I takt med den strukturella organisationen av bakufu som den högsta makten, tog daimyos domänförvaltning (hansei) också successivt form. Förhållandet mellan shogun och daimyo var ett förhållande mellan herre och vasall, baserat på det feodala chigyō-systemet. I teorin tillhörde marken shogunen, som delade upp den mellan herrarna som en särskild förmån, eller go-on. För att få rang som daimyo var en krigare tvungen att kontrollera mark som producerade minst 10 000 koku. I gengäld ådrog sig daimyon sig skyldigheten att tillhandahålla militära och andra tjänster till shogun. Precis samma koppling fanns mellan domänherrarna och deras anhängare, och för att daimyoerna skulle kunna koncentrera och stärka sitt styre var det nödvändigt för dem att strama upp denna koppling. För att begränsa sina vasallers traditionella rätt till chigyō, eller underdomäner, belönade daimyo dem i stället med rispengar (kuramai), vilket ökade deras beroende av daimyo. Samtidigt ökade denna politik de marker som stod under daimyos direkta kontroll, vilket stärkte domänens ekonomiska bas. Således använde daimyo samma metoder gentemot sina egna vasaller som bakufu använde för att kontrollera dem. På detta sätt etablerades en hierarkisk, ”feodal” regim med hjälp av kokudaka-systemet, som sträckte sig från shogun via daimyo till deras tjänare.
Kontrollen över jordbruksbefolkningen stärktes nu ytterligare. Taikōs lantmäteri hade erkänt böndernas rättigheter som faktiska odlare av jorden och gjort dem ansvariga för skatterna. Med liknande intentioner var bakufus och daimyos lantmäterier mycket mer detaljerade och exakta, eftersom de var inriktade på att utvinna största möjliga skatteintäkter. Tokugawas byar skiljde sig därmed från byarna i de föregående tidsåldrarna, som hade kontrollerats av lokala godsägare, eller myōshu. Tokugawas byar bestod av en huvudkärna av småbrukare, i allmänhet kallade hyakushō. Eftersom byarna nu var den nya regimens administrativa enheter upprättades ett trestegssystem av byamän – nanushi (eller shōya), kumigashira och hyakushōdai – för att utföra dess uppgifter. Invånarna i städer och byar i hela landet var skyldiga att bilda gonin-gumi (”grupper med fem hushåll”), eller grannskapsföreningar, för att främja ett gemensamt ansvar för skattebetalning, för att förhindra brott mot sina överherrars lagar, för att ge varandra ömsesidig hjälp och för att hålla ett allmänt öga på varandra. Den ekonomiska kontrollen över bönderna stärktes ytterligare. De förbjöds strängt att köpa, sälja eller överge sin mark eller att byta yrke, och det infördes också mycket stränga restriktioner för deras klädsel, mat och boende. Keian no Ofuregaki (”Proklamationer från Keian-eran”), som utfärdades av bakufu 1649, var ett kompendium av bakufus politik som syftade till att kontrollera landsbygdsförvaltningen.