Trimetoprim-sulfametoxazol (TMP-SMX), eller Bactrim*, Septra* eller Cotrim*, är den bästa behandlingen. Den typiska regimen för immunkompetenta vuxna är TMP 160 mg plus SMX 800 mg (en tablett med dubbel styrka), oralt, två gånger om dagen, i 7-10 dagar. Hiv-infekterade patienter kan behöva längre behandlingskurer.
Ingen mycket effektiva alternativ har ännu identifierats för personer som är allergiska mot (eller intoleranta mot) TMP-SMX. Metoder att överväga för sådana personer inkluderar observation och symtomatisk behandling, användning av ett antibiotikum vars effektivitet mot Cyclospora är baserad på begränsade data, eller desensibilisering mot TMP-SMX. Det sistnämnda tillvägagångssättet bör endast övervägas för utvalda patienter som behöver behandling, som har utvärderats av en allergolog och som inte har en livshotande allergi.
Anekdotiska eller opublicerade data tyder på att följande läkemedel är ineffektiva: albendazol, trimetoprim (när det används som ett enda medel), azitromycin, nalidixinsyra, tinidazol, metronidazol, kinakrin, tetracyklin, doxycyklin och diloxanidfuroat. Även om data från en liten studie bland hiv-infekterade patienter i Haiti tyder på att ciprofloxacin kan ha en blygsam aktivitet mot Cyclospora, tyder omfattande anekdotisk erfarenhet bland många immunkompetenta personer på att ciprofloxacin är ineffektivt.
* Användningen av handelsnamn är endast för identifiering och innebär inte att Public Health Service eller U.S. Department of Health and Human Services godkänner det.