Capsomer är en underenhet av capsid, ett yttre hölje av protein som skyddar virusets genetiska material. Capsomerer självförenas för att bilda capsidet.
I detta diagram över ett Adenovirus syns capsidmolekylerna tydligt.
Underenheter som kallas protomerer aggregerar sig för att bilda capsomerer. Olika arrangemang av capsomerer är: 1) Icosahedral, 2) Helical och 3) Complex.
1) Icosahedral – En icosaeder är en polyeder med 12 hörn och 20 sidor. Två typer av capsomerer utgör den ikosaedriska capsid: pentagonala (pentoner) vid hörnen och hexagonala (hexoner) vid ytorna. Det finns alltid tolv pentoner, men antalet hexoner varierar mellan olika virusgrupper. I elektronmikrografer känns capsomerer igen som regelbundet fördelade ringar med ett centralt hål.
2) Helikala- Protomererna är inte grupperade i capsomerer, utan är bundna till varandra så att de bildar en bandliknande struktur. Denna struktur viker sig till en helix eftersom protomererna är tjockare i ena änden än i den andra. Den spiralformade kapsidens diameter bestäms av egenskaperna hos dess protomerer, medan dess längd bestäms av längden på den nukleinsyra som den omsluter.
3) Komplex- t.ex. det som uppvisas av poxvirus och rhabdovirus. Denna grupp omfattar alla de virus som inte passar in i någon av de två ovanstående grupperna.När viruspartikeln har trängt in i en värdcell smälter värdcellens enzymer kapsiden och dess ingående capsomerer och blottar därmed virusets nakna genetiska material (DNA/RNA), som därefter går in i replikationscykeln.
Capsomererna skyddar mot fysiska, kemiska och enzymatiska skador och är multipelt redundanta; de har ett fåtal proteinsubenheter som upprepas. Detta beror på att virusgenomet är så ekonomiskt som möjligt genom att bara behöva några få proteinkodoner för att skapa en stor struktur. En av de viktigaste funktionerna hos en capsid är att introducera det inneslutna virusgenomet i värdceller genom att adsorbera lätt på värdcellens ytor.