Centimorgan (förkortat cM, uppkallat efter Thomas Hunt Morgan) är en extra måttenhet inom genetiken som anger frekvensen eller sannolikheten för rekombination i procent. På detta sätt kan det genetiska avståndet kvantifieras, dvs. det genetiska avståndet mellan två loci på en kromosom.
Gener som finns på samma kromosom kan ”frikopplas” genom korsning. Det förväntade antalet cross-over-händelser kan uppskattas från den (observerade) rekombinationsfrekvensen.
Två loci är 1 cM från varandra om rekombinationen (dvs. sannolikheten för korsning mellan dessa loci är 1 % per meios, dvs. i genomsnitt sker en korsning per 100 meioser:
R e k o m b i n a t i o n = 100 ⋅ R e k o m b i n a t i o n {\displaystyle \mathrm {rekombination\,} =100\cdot {\frac {\mathrm {\mathrm {number\;of\;recombinant\;gametes} }{\mathrm {gametes;total} }} 
(för att bilda en zygot behöver man två gameter, och vid bildandet av var och en av dem kan det ha skett rekombination).