Under 2003 stämde investerare i Lancer Group Citco för att medvetet ha spridit ”vilseledande” uppgifter om nettotillgångsvärde (NAV). Citco informerade slutligen investerarna om att man avgick som förvaltare av Lancers fonder, men gav ingen förklaring. Även om Citco pekade på det faktum att man hade begärt uttalanden från Lancers styrelse om huruvida värderingarna var korrekta, skrev domaren Shira Scheindlin: ”Även om dessa åtgärder visar att Citco Group ifrågasatte siffrorna, kan de också tolkas som att Citco Group försökte skydda sin egen inblandning i processen”. I slutändan gjorde Citco upp med investerarna.
2013 stämde tre pensionssystem i Louisiana som hade investerat 100 miljoner dollar i en hedgefond som lovade hög avkastning med låg risk Citco, som administrerade affären. I stämningsansökan hävdades att Citco berättade för pensionsförvaltarna att deras investering ökade i värde medan det inte var sant, eftersom Citco vilseledde investerarna om det verkliga värdet på investeringens tillgångar.
I mars 2015 lämnade Roger Corman och hans fru in en stämningsansökan mot Citco där de hävdade att de hade grund för talan om bland annat brott mot förtroendeuppdrag, bedrägeri, vilseledande uppgifter och orättmätig berikning, och hävdade att de till slut förlorade upp till 60 miljoner dollar på grund av olämpliga handlingar och passivitet från Citco, som var administratör av fonden.
Investerare i Fairfield Greenwich Group, den största operatören av ”matarfonder” för Ponzi-bedragaren Bernard Madoff, stämde Citco i målet Anwar v. Fairfield Greenwich, U.S. District Court, Southern District of New York, inför domare Shira Scheindlin. Investerarna hävdade att Citco var skyldigt att självständigt beräkna fondernas NAV och tillhandahålla dessa siffror till aktieägarna, men i stället: ”Citco förlitade sig blint och vårdslöst på information från Madoff och fonderna för att beräkna och sprida fondernas NAV … trots att denna information var uppenbart felaktig”. Citco anklagades för att inte ha övervakat och värderat Fairfield Greenwichs investeringar korrekt, varav mer än 7 miljarder dollar skickades till Bernard L. Madoff Investment Securities LLC. Investerarna sade att de drabbades av stora förluster på grund av Citcos bedrägeri och försumlighet när Madoffs Ponzi-plan avslöjades i december 2008. I augusti 2015 gick Citco med på att betala 125 miljoner dollar för att lösa påståenden om att företaget vilselett investerare att investera i Fairfield Greenwich Group. Förlikningen var den största med en administratör eller depåhållare i samband med Madoffs bedrägeri.