| Citrat (Si)-syntas | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifierare | ||||||
| EC-nr. | 2.3.3.1 | |||||
| CAS-nr. | 9027-96-7 | |||||
| Databaser | ||||||
| IntEnz | IntEnz view | |||||
| BRENDA | BRENDA-post | |||||
| ExPASy | NiceZyme-vy | |||||
| KEGG | KEGG-post | |||||
| MetaCyc | metabolisk väg | |||||
| PRIAM | profil | |||||
| PDB-strukturer | RCSB PDB PDBe PDBsum | |||||
| Genontologi | AmiGO / QuickGO | |||||
| Search | PMC | PubMed | NCBI | |||
MechanismEdit
Citratsyntas har tre viktiga aminosyror i sin aktiva plats (känd som den katalytiska triaden) som katalyserar omvandlingen av acetyl-CoA och oxaloacetat till citrat och H-SCoA i en aldolkondensationsreaktion. Denna omvandling börjar med att den negativt laddade syreatomen i Asp-375:s karboxylatsidekedja deprotonerar acetyl-CoA:s alfakolatom för att bilda en enolatanjon som i sin tur neutraliseras genom protonering av His-274 för att bilda en enolintermediat . I detta skede abstraherar epsilonkvävets ensamma elektronpar på His-274, som bildades i det sista steget, hydroxyl-enolprotonen för att bilda en enolatjon som inleder en nukleofil angrepp på oxaloacetatets kolsyrekol, vilket i sin tur deprotonerar epsilonkväveatomen på His-320. Denna nukleofila addition resulterar i bildandet av citroyl-CoA . Vid denna tidpunkt deprotoneras en vattenmolekyl av His-320:s epsilonkväveatom och hydrolysen inleds. Ett av syreets ensamma par angriper nukleofilt karbonylkolet i citroyl-CoA. Detta bildar en tetraedrisk intermediär och resulterar i utstötning av -SCoA när karbonylen reformeras. -SCoA protoneras för att bilda HSCoA. Slutligen avprotoneras det hydroxyl som lagts till karbonylen i det föregående steget och citrat bildas.
HämningRedigera
Enzymet hämmas av höga förhållanden av ATP:ADP och NADH:NAD, eftersom höga koncentrationer av ATP och NADH visar att energitillförseln är hög för cellen. Det hämmas också av succinyl-CoA och propionyl-CoA, som liknar Acetyl-coA och fungerar som en kompetitiv hämmare till acetyl-CoA och en icke-kompetitiv hämmare till oxaloacetat. Citrat hämmar reaktionen och är ett exempel på produkthämning. hämning av citratsyntas av acetyl-CoA-analoger har också dokumenterats väl och har använts för att bevisa existensen av en enda aktiv plats. Dessa experiment har visat att denna enda plats växlar mellan två former som deltar i ligas- respektive hydrolasaktivitet. Detta protein kan använda morfeinmodellen för allosterisk reglering.