Blakeman studerade vid University of Nebraska från 1984 till 1987 och tjänstgjorde främst som reservquarterback för Nebraska Cornhuskers, inklusive säsongerna 1986 och 1987 bakom startspelaren Steve Taylor.
Under Nebraskas match mot de orankade Colorado Buffaloes den 25 oktober 1986 bytte huvudtränaren Tom Osborne ut Taylor mot Blakeman i den fjärde kvarten. Colorado begränsade ändå Blakeman till 4 av 6 avslut för 37 yards och höll sig kvar och besegrade Huskers med 20-10. Det var deras första seger mot Nebraska sedan 1967 och Buffaloes första seger mot Nebraska hemma sedan 1960.
Blakeman spelade i 1987 års Sugar Bowl, en seger med 30-15 över Southeastern Conference-mästaren LSU.
Den 3 oktober 1987 ledde South Carolina mot Nebraska med 21-13 när Taylor lämnade matchen efter att ha skadat sin axel i det sista spelet i den tredje quartern. Blakeman ersatte Blakeman och avslutade sin enda passning för 8 yards. Men med hjälp av ett starkt löpspel och Nebraskas Blackshirts-försvar som tvingade fram två turnovers och bara släppte in 9 yards i den fjärde quartern, samlades Huskers runt Blakeman för att göra 17 obesvarade poäng och vinna med 30-21.
Blakeman startade också två matcher i stället för en skadad Taylor, som båda var segrar över Kansas Jayhawks. Den 15 november 1986 kastade han tre touchdown-passningar och sprang för ytterligare en när han ledde Nebraska till ett 70-0 nederlag, det värsta nederlaget i Jayhawks historia och den största utskällningen av Nebraska fram till dess. Och den 10 oktober 1987 avslutade Blakeman 10 av 12 passningar för 100 yards och en touchdown i Nebraskas 54-2 seger över Kansas.