Den ökade intensifieringen av jordbruket går hand i hand med en utbredd användning av herbicider som påverkar den biologiska mångfalden i vattnet negativt. Effekterna av herbicider på toxinproducerande cyanobakterier har studerats dåligt. Syftet med denna studie var att undersöka de toxikologiska och fysiologiska effekterna av herbiciden clethodim på Raphidiopsis raciborskii (a.k.a. Cylindrospermopsis raciborskii) ITEPA1 och Microcystis aeruginosa BCCUSP232. På försökets fjärde dag resulterade exponeringen för 25 mg/L clethodim i den högsta celltätheten hos R. raciborskii. På samma sätt resulterade exponering för behandlingar med 1, 5, 20 och 50 mg/l kletodim i de högsta celltätheterna av M. aeruginosa dag 4 i försöket. Koncentrationer med medeleffekt (EC50) efter 96 timmars exponering av båda stammarna för kletodim var 192,98 mg/L och 168,73 mg/L för R. raciborskii respektive M. aeruginosa. Närvaron av kletodim ökade signifikant det totala mikrocystininnehållet hos M. aeruginosa jämfört med kontrollkulturerna. Vid 400 mg/L var den totala saxitoxinhalten hos R. raciborskii 27 % högre än hos kontrollkulturerna på dag 4. Däremot hade kulturer som exponerades för 100 mg/L clethodim de lägsta saxitoxinnivåerna per cellkvot. Det fanns en ökning av nivåerna av intracellulär väteperoxid hos båda arterna under exponering för kletodim, vilket följdes av signifikanta förändringar (p < 0,05) i aktiviteten hos antioxidativa enzymer som peroxidas och superoxiddismutas. Dessa resultat visade att närvaron av låga halter av kletodim i vattenmiljön kan leda till överdriven spridning av cyanobakterier och förändring av deras innehåll av cyanotoxiner.