Johnson bodde i Montserrat i tio år. Johnsons forskning är inriktad på supersträngteori och partikelfysik, särskilt med avseende på starkt kopplade fenomen. Han har tidigare arbetat vid Kavli Institute for Theoretical Physics vid University of California, Santa Barbara, Institute for Advanced Study och Princeton University. Han fick 2005 Maxwellmedaljen och priset från Institute of Physics, ”För hans enastående bidrag till strängteori, kvantgravitation och dess gränssnitt mot starkt kopplad fältteori, i synnerhet för hans arbete med att förstå censur av singulariteter och de termodynamiska egenskaperna hos kvantrymden”. Han fick ett CAREER-pris från National Science Foundation 1997. År 2005 listade Journal of Blacks in Higher Education Clifford Johnson som den mest citerade svarta professorn i matematik eller ett relaterat område vid ett amerikanskt universitet eller högskola.
Han tog en kandidatexamen i fysik från Imperial College i London 1989 och disputerade i matematik och fysik vid University of Southampton 1992.
Han arbetar också aktivt för att främja vetenskap hos allmänheten och för att sprida fysik. Som en del av detta arbete framträder han regelbundet i History Channel-serien The Universe och fungerar som vetenskapskonsult för Discovery Channel. Johnson grundade African Summer Theory Institute, ”som samlar lärare, forskare och studenter på alla nivåer till en månadslång konferens om ett vetenskapligt ämne – ett annat varje år – för att diskutera, nätverka och naturligtvis lära sig.”
Han har också fungerat som vetenskapskonsult för science fiction-filmer och tv-serier, bland annat Avengers: Endgame och Star Trek: Discovery. Han gjorde en kort cameo i filmen Palm Springs från 2020.