Först flyttade Conon upp till Karien med en liten del av flottan, där han under en tid var blockerad men sedan räddades av Pharnabazus och Tissaphernes. Han fortsatte sedan till Rhodos, där den prospartiska oligarkin ersattes av en demokrati, och lyckades erövra matförråd som skickades upp från Egypten. Som svar på detta beslutade spartanerna att skicka ut sin flotta, men gjorde misstaget att anförtro den åt Peisander, som inte hade någon erfarenhet. Slaget ägde rum vid Cnidus 394 f.Kr. och blev en lätt och överväldigande persisk framgång. De egeiska städerna fördrev de spartanska garnisonerna och accepterade det persiska styret.
Efter denna framgång kände Conon att det var säkert för honom att återvända till Aten. Pharnabazus lät honom behålla en del av flottan och tillhandahöll pengar för att befästa Pireus och återuppbygga de långa murarna som förenade staden med Aten. Dessa åtgärder innebar att några av de viktigaste resultaten av det peloponnesiska kriget blev omintetgjorda – Aten återfick sin ställning som stormakt i Grekland, och även om hon fortfarande hade förlorat sitt imperium hade Sparta hindrats från att ta över det.
Året därpå hade spartanerna inlett förhandlingar med perserna, och för att säkra sin ställning i Grekland erbjöd de sig att överlämna alla städer i Anatolien till dem. Atenarna skickade delegater (däribland Conon) för att meddela att detta var oacceptabelt, vilket Tiribazus uppfattade som att de fortfarande hoppades på att återfå sitt imperium, och upprörd över denna helomvändning kastade han dem i fängelse, Conon bland dem. Gamla författare ger motstridiga redogörelser för hans slut: vissa hävdar att han skickades in i det inre av Asien och dödades; andra redogörelser, som förmodligen är mer troliga, anger att han drog sig tillbaka till Cypern och dog där. Hans son Timoteus blev senare en annan framstående general.