Alternativa cancerprotokoll använder högdos enzymterapi för att bryta ner tumörer, rensa cirkulationssystemet från skräp och stimulera immunfunktionen. Systemiska enzymer, som används i dessa protokoll, bryter ner virusens skyddande beläggning och frigör dem så att de kan identifieras och angripas av immunsystemet. Virus och andra patogena mikroorganismer ökar kraftigt den toxiska belastningen och belastar immunförsvaret. Att eliminera dessa infektioner är av största vikt för en optimal immunfunktion.
Denna process gäller även cancerceller. När fibrin bryts ned kan immunförsvaret sedan mer effektivt rikta in sig på patogena inkräktare. Enzymer ökar också immunfunktionen genom att stimulera immunmolekyler som cytokiner, makrofager och naturliga mördarceller. När immunförsvaret fungerar för fullt kan det gå till sin uppgift att förhindra tillväxten och spridningen av cancer.
Systemiska enzymer ökar effektiviteten hos konventionella cancerbehandlingar som kemoterapi och strålning. Kemoterapi kan bättre angripa cancerceller när fibrin bryts ner, och lägre doser kan användas. På grund av sina antiinflammatoriska och analgetiska effekter är enzymerna till hjälp för att mildra de negativa biverkningarna av kemoterapi, såsom kräkningar, smärta, muskelförtvining och utmattning. Enzymer är också användbara för att bryta ner ärrvävnad, en biverkning av strålning. Dessutom återhämtar sig patienter snabbare efter en operation när de tar enzymer.