Politisk omstrukturering
Ett stort problem för Gorbatjov var att det inte fanns någon överenskommelse i toppen om vad perestrojka, glasnost och demokratisering skulle åstadkomma. De radikala reformatörerna, Gorbatjov, Jakovlev och Sjevardnadze, blev överkörda av de moderata reformatörerna, Ligatjov, Ryzjkov och andra. Problemet förvärrades av en uppenbar brist på klarhet i Gorbatjovs eget tänkande. Han kunde aldrig konstruera ett sammanhängande mål och medel för att nå det. Hans frustration över partiapparaten ledde till att han formulerade en mycket radikal lösning – att avskaffa den. Han ville utestänga den från den dagliga inblandningen i ekonomins förvaltning och göra slut på dess dominans över den statliga lagstiftande församlingen och partiets angelägenheter. Sekretariatet hade varit partiets hjärna och alla viktiga beslut hade fattats där. Gorbatjov ville sätta stopp för partifunktionärernas dominans över sovjeterna. Han lyckades med denna anmärkningsvärda bedrift vid den 19:e partikonferensen i juni 1988. Partiet förlorade därmed sin dominerande roll i centrum av den politiska processen men fick sin revansch på Gorbatjov genom att konsolidera sin makt i periferin, där de svaga sovjeterna inte var någon match för det. Det skedde alltså ett centrifugalt maktflöde från centrum till periferi. Denna process hade pågått sedan Stalins död, och Chrusjtjovs avlägsnande hade understrukit de lokala partifunktionärernas inflytande. Brezjnev-eran bidrog ytterligare till maktflödet till periferin.
Väljningar till U.S.S.S.R.:s kongress för folkdeputerade, som ersatte U.S.S.S.R.:s högsta sovjet som statsmaktens högsta organ, ägde rum i mars 1989. Ungefär 88 procent av deputerade var kommunister, men då var kommunistpartiet inte längre ett monolitiskt parti. Kongressen valde bland sina medlemmar en tvåkammarmyndighet (kallad Högsta sovjet), där varje kammare hade 271 ledamöter. Gorbatjov var ordförande för förhandlingarna. Boris Jeltsin blev ledamot av Högsta sovjeten efter att en annan suppleant avgått till hans fördel. Jeltsin hade avskedats som partiledare i Moskva och från sitt medlemskap i politbyrån i november 1987 efter ett rasande gräl med Ligatjov. Gorbatjov valde att inte stödja honom. Därmed började den titaniska kampen mellan Gorbatjov och Jeltsin som skulle leda till Gorbatjovs politiska undergång. Som deputerad hade Jeltsin för första gången en nationell plattform och använde den mycket skickligt. Huvudfokus för hans attacker var partiprivilegier, perestrojkas bristande framgång, behovet av marknadsreformer och personlig kritik av Gorbatjovs ledarskap.
Det nya mönstret i toppen upprepades i varje republik. Kongresser valdes och högsta sovjeter uppstod ur dem. Lokala sovjetval ägde också rum i början av 1990 och ledde till många chocker. Kommunistiska tjänstemän, som Gorbatjov hade uppmuntrat att ställa upp, blev ofta besegrade även när de ställde upp som enda kandidat. För att bli vald behövde en deputerad mer än 50 procent av de avgivna rösterna. Glasnost gjorde det möjligt för icke-ryska nationaliteter att uttrycka sitt motstånd mot rysk och kommunistisk dominans och ledde till en ökning av nationalism och regionalism. Detta förvärrades av den ekonomiska nedgången. Särskilt i de baltiska republikerna hävdade många att de kunde sköta sina ekonomiska angelägenheter bättre än Moskva. Interetniska stridigheter och konflikter intensifierades och resulterade ibland i blodsutgjutelse. Konflikten i Nagorno-Karabach, en armeniskt dominerad enklav i Azerbajdzjan, var den mest våldsamma och bittra. De nyvalda högsta sovjeterna kunde göra anspråk på att tala för befolkningen. Detta gällde särskilt i Baltikum. Flerpartisystem blev legitimt 1990, när artikel 6 i konstitutionen, som hade garanterat ett kommunistiskt monopol, togs bort. Hundratals, ja tusentals informella föreningar och sedan partier växte fram i det mottagliga klimatet av glasnost och demokratisering. Folkliga fronter, som var mest märkbara i Baltikum, förenade alla dem som motsatte sig Moskvas styre och strävade efter självständighet. Eftersom dessa fronter dominerade de högsta sovjeterna kunde de anta suveränitetsförklaringar. I mars 1990 gick Litauen längre och förklarade sig självständigt. I maj 1990 blev Jeltsin, trots Gorbatjovs bittra motstånd, ordförande för Rysslands högsta sovjet. Följande månad förklarade det ryska S.F.S.R. sig självt som en suverän stat. Den hävdade att dess lagar hade företräde framför sovjetiska lagar. Gorbatjov förklarade detta ogiltigt. Detta var mönstret i varje republik som hade förklarat sig själv suverän. Det var känt som ”lagarnas krig”. Som en följd av detta blev U.S.S.R.:s överlevnad en fråga.
Gorbatjov tröttnade snart på U.S.S.R.:s högsta sovjet med ”nytt utseende” och kastade ut sitt nät ännu bredare i sitt sökande efter en modell. Han valde så småningom ett exekutivt presidentskap baserat på en blandning av det amerikanska och det franska presidentskapet. Enligt amerikansk sedvänja behövde han en vicepresident. Tyvärr valde han Gennadij Janayev – den kazakiska ledaren Nursultan Nazarbayev och Sjevardnadze hade tackat nej till jobbet. Ministerrådet i U.S.S.S.R. avskaffades och ersattes av ett ministerkabinett som var underordnat presidenten. På pappret hade Gorbatjov uppnått sin ambition: han var högsta beslutsfattare och faktiskt en konstitutionell diktator. Hans auktoritet, eller hans förmåga att fatta beslut, hade aldrig varit högre. Den makt som följer med presidentposten i Förenta staterna och Frankrike överfördes dock inte till honom. Hans makt eller förmåga att få sina beslut genomförda minskade dagligen.
Impulsen till reformer kom från den politiskt aktiva delen av kommunistpartiet och samhället. Motståndet mot perestrojka var dock hårdast inom samma grupp. Reformerna visste att partiet och statsapparaten var tidigare mästare på att blockera reformer som de uppfattade som oförenliga med deras intressen. Det enda sättet att driva igenom en reform var att använda en murbräcka. Under de tre första åren lanserade Gorbatjov en rad reformer. Varje gång han stötte på motstånd från de konservativa i partiet drog han sig tillbaka och sökte en annan väg att gå framåt. Enligt Jakovlev, en av perestrojkaens arkitekter och dess främsta teoretiker, nådde revolutionen uppifrån en kritisk punkt vid den 19:e partikonferensen i juni 1988. Där ställdes Gorbatjov inför ett skarpt val: att gå framåt och omvandla perestrojkan till en ”verkligt folkdemokratisk revolution, gå hela vägen och ge samhället total frihet” eller att dra sig tillbaka, förbli en kommunistisk reformator och stanna inom byråkratins välkända miljö. Jakovlev såg olika faror för perestrojkan: den kunde kvävas av stalinistisk reaktion eller brezjnevitisk konservatism eller bli övertagen av tjänstemän som gav uttryck för dess slagord medan de omfördelade makten sinsemellan. Valet stod mellan äkta eller kontrollerad demokrati. I början av 1988 var Fjodor Burlatskij medlem i en liten grupp under ledning av Anatolij Lukjanov. Den senare föreslog ett tillvägagångssätt i två steg för valet av en högsta sovjet. Den juridiska makten skulle tillfalla lokala sovjeter, men förhållandet mellan partiet och sovjeterna lämnades vagt. Burlatskij föreslog direkta val av högsta sovjet, president och vicepresident, men alla utom Jakovlev motsatte sig detta. Gorbatjov kunde ha genomfört en politisk revolution, men trogen sin lågriskstrategi valde han Lukjanovs förslag. Detta var ett ödesdigert misstag. Om Gorbatjov hade ställt upp i presidentvalet hade han kanske vunnit. Han skulle då ha blivit folkets president. I stället lät han sig väljas av U.S.S.S.R.:s kongress för folkdeputerade, ett organ som dominerades av kommunister. Tyvärr för Gorbatjov hade han öppnat Pandoras ask. De sociala och politiska krafter som väcktes av perestrojkan kunde inte regleras uppifrån. Om Gorbatjov inte ville göra anspråk på dem som sin valkrets så skulle andra göra det. Kommunistpartiet motsatte sig marschen mot demokrati och förlorade sina mer radikala medlemmar. De bildade sina egna grupper och utmanade partiet direkt. Boris Jeltsin framstod som den mest sannolika ledaren för den radikala valkretsen. Hans val till ordförande i det ryska parlamentet i maj 1990 visade sig bli en vändpunkt för Gorbatjov. Jeltsin blev en attraktionspol för frustrerade, radikala, särskilt ekonomiska, reformatorer. Gorbatjovs största misstag gjordes inom den ekonomiska politiken.