Vi börjar med en introduktion till relevant biologi och förklarar vad vi mäter och varför. Därefter fokuserar vi på de två viktigaste mätteknikerna: nästa generations sekvensering och mikroarrayer. Därefter går vi över till att beskriva hur rådata och experimentell information importeras till R och hur vi använder Bioconductor-klasser för att organisera dessa data, oavsett om de genereras lokalt eller hämtas från offentliga arkiv eller institutionella arkiv. Genomiska egenskaper identifieras i allmänhet med hjälp av intervaller i genomiska koordinater, och högeffektiva algoritmer för beräkning med genomiska intervaller kommer att undersökas i detalj. Statistiska metoder för att testa gencentrerade eller bancentrerade hypoteser med data på genomskala finns i paket som limma, några av dessa tekniker kommer att illustreras i föreläsningar och laborationer.
Med tanke på mångfalden i våra studenters utbildningsbakgrund har vi delat upp serien i sju delar. Du kan läsa hela serien eller enskilda kurser som intresserar dig. Om du är statistiker bör du överväga att hoppa över de två eller tre första kurserna, på samma sätt bör du som biolog överväga att hoppa över några av introduktionsföreläsningarna i biologi. Observera att statistik- och programmeringsaspekterna av kursen ökar i svårighetsgrad relativt snabbt under de tre första kurserna. I den tredje kursen kommer du att lära ut avancerade statistiska begrepp som hierarkiska modeller och i den fjärde avancerade färdigheter i programvaruteknik, t.ex. parallell beräkning och reproducerbara forskningskoncept.
De här kurserna utgör två yrkescertifikat och är självgående:
Dataanalys för biovetenskap:
- PH525.1x: Statistics and R for the Life Sciences
- PH525.2x: Introduktion till linjära modeller och matrisalgebra
- PH525.3x: Statistisk inferens och modellering för experiment med högt genomflöde
- PH525.4x: Statistiska slutsatser och modellering för experiment med högt genomflöde
- PH525.4x: Analys av högdimensionella data
Genomisk dataanalys:
- PH525.5x: Introduktion till Bioconductor
- PH525.6x: Fallstudier inom funktionell genomik
- PH525.7x: Avancerad Bioconductor
Denna kurs stöddes delvis av NIH-anslaget R25GM114818.
HarvardX kräver att personer som registrerar sig i dess kurser på edX följer villkoren i edX hederskodex. HarvardX kommer att vidta lämpliga korrigerande åtgärder vid överträdelser av edX hederskodex, vilket kan innefatta avstängning från HarvardX-kursen, återkallelse av eventuella certifikat som erhållits för HarvardX-kursen eller andra åtgärder om omständigheterna så kräver. Ingen återbetalning kommer att utfärdas vid korrigerande åtgärder för sådana överträdelser. Inskrivna som läser HarvardX-kurser som en del av ett annat program kommer också att regleras av den akademiska policyn för dessa program.
HarvardX strävar efter vetenskapen om lärande. Genom att registrera dig som online-lärare i en HX-kurs kommer du också att delta i forskning om lärande. Läs vårt uttalande om forskning för att få veta mer.
Harvard University och HarvardX har åtagit sig att upprätthålla en säker och hälsosam utbildnings- och arbetsmiljö där ingen medlem av samhället utesluts från att delta i, förvägras fördelarna med, eller utsätts för diskriminering eller trakasserier i vårt program. Alla medlemmar av HarvardX-gemenskapen förväntas följa Harvard-policyerna om icke-diskriminering, inklusive sexuella trakasserier, och edX Terms of Service. Om du har några frågor eller problem kan du kontakta [email protected] och/eller rapportera din upplevelse via edX kontaktformulär.