Sedan omkring 1850 har den kambodjanska flaggan haft en avbildning av Angkor Wat i mitten. Den nuvarande flaggan, med en blå bonce 1948. Den användes fram till den 9 oktober 1970, då en ny flagga infördes för Lon Nols khmerrepublik som varade fram till de röda khmerernas maktövertagande 1975. Den efterföljande staten Demokratiska Kampuchea, som existerade från 1975 till 1979, använde en röd flagga med ett Angkor Wat-motiv med tre torn som behölls i gult från och med 1976. Folkrepubliken Kampuchea inrättades 1979, efter den vietnamesiska invasionen av Kambodja.
Den kambodjanska nationella förenade fronten för nationell frälsning (FUNSK) återupplivade den flagga som antagits av khmer Issarak under dagarna av anti-franskt motstånd för den nya staten. Denna flagga hade samma färgmönster som DK:s flagga, men med en gul silhuett av Angkor Wat med fem torn. När PRK bytte namn till ”State of Cambodia” (SOC) 1989 blev flaggans nedre halva blå. UNTAC-flaggan användes under övergångsperioden 1992-1993 tillsammans med SOC:s flagga inom Kambodja.
1993 återinfördes den kambodjanska flaggan från 1948. Den nuvarande kambodjanska flaggan är tillsammans med Afghanistans, Bolivias, Portugals, San Marinos och Spaniens flaggor de enda sex statsflaggor som har en byggnad. Rött och blått är Kambodjas traditionella färger.
Den flagga som används idag är densamma som den som fastställdes 1948, även om den äldre flaggan ibland sägs ha använt en röd kontur för Angkor Wat medan den nuvarande flaggan använder svart specifikt. Sedan dess har fem andra mellanliggande utformningar använts. Nästan alla har använt sig av bilden av templet Angkor Wat i en eller annan form. Denna berömda tempelanläggning, som är från 1100-talet, byggdes av Mahidharapura-monarkerna. Det har fem torn, men dessa var inte alltid alla avbildade i den stiliserade version som används på flaggor. Monarkin återinfördes i september 1993 och flaggan från 1948 återinfördes i juni samma år.