De äldsta kända formerna av isolering är de som nämns i Moseböckerna (Bibeln) för mer än 3400 år sedan, särskilt när det gäller spetälska. Hippokrates och Galen på 500-talet f.Kr. rådde till ”Cito, Longe, Tarde”, vilket betyder ”gå snabbt, gå långt bort och kom sent tillbaka”.
Från och med 1200- och 1300-talen ökade formerna av isolering. För att förhindra smittspridning av sjukdomar bland de gamla israeliterna skiljdes smittade personer åt enligt den mosaiska lagen i Gamla testamentet.
Venedig gick i spetsen för sanitära åtgärder för att kontrollera spridningen av pesten, efter att ha utsett tre hälsovårdare under de första åren av den svarta döden (1348). Ordet ”karantän” kommer från den italienska frasen quaranta giorni, som betyder ”fyrtio dagar”. Det är dess användning på fartyg som har gett det dess namn, även om det inte är vetenskapligt motiverat. För de flesta sjukdomar är inkubationstiden mindre än fyrtio dagar med några få undantag som infektiös mononukleos eller Kuru.
I vår tid var rädslan för smitta vid återkomsten från månen (en interplanetär smitta) det främsta skälet till de karantänförfaranden som antogs i samband med det första uppdraget inom ramen för Apollo-programmet. Astronauter och månprover sattes i karantän vid Lunar Receiving Laboratory. På samma sätt finns det ett karantänsprotokoll för prover från Mars som skulle utföras i ett biosäkerhetslaboratorium på nivå 4 som kallas Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF)
.