Kladogenes är en evolutionär uppdelning av en moderart i två olika arter som bildar en klad.
Denna händelse inträffar vanligen när några få organismer hamnar i nya, ofta avlägsna områden eller när miljöförändringar orsakar flera utdöenden, vilket öppnar ekologiska nischer för de överlevande och orsakar flaskhalsar i populationen och grundareffekter som förändrar allelfrekvenser hos divergerande populationer jämfört med deras förfäders population. De händelser som gör att dessa arter ursprungligen skiljs från varandra i avlägsna områden kan fortfarande göra det möjligt för båda arterna att ha lika stora chanser att överleva, föröka sig och till och med utvecklas för att bättre passa sina miljöer, samtidigt som de fortfarande är två olika arter på grund av efterföljande naturligt urval, mutationer och genetisk drift.
Kladogenesen står i kontrast till anagenesen, där en förfäders art gradvis ackumulerar förändringar, och till slut, när tillräckligt mycket har ackumulerats, är arten tillräckligt distinkt och annorlunda nog från sin ursprungliga startform för att den ska kunna betecknas som en ny form – en ny art. Observera att vid anagenes inte linjen i ett fylogenetiskt träd splittras.
För att avgöra om en artbildningshändelse är kladogenes eller anagenes kan forskarna använda sig av simulering, bevis från fossil, molekylära bevis från DNA från olika levande arter, eller modellering. Det har dock diskuterats om skillnaden mellan kladogenes och anagenes överhuvudtaget är nödvändig i evolutionsteorin.