Traditionellt sett avser klatratföreningar polymeriska värdar som innehåller molekylära gäster. På senare tid avser termen många molekylära värdar, inklusive calixarener och cyklodextriner och till och med vissa oorganiska polymerer, t.ex. zeoliter. Det naturliga kiselkloridmineralet chibaite beskrevs 2008 från Japan.
Många klathrater härstammar från organiska vätebundna ramverk. Dessa ramverk framställs av molekyler som ”självassocierar” genom flera vätebundna interaktioner. De mest kända klathraterna är metanklathrater där det vätebundna ramverket bidrar med vatten och gästmolekylerna är metan. Stora mängder metan som är naturligt fryst i denna form finns både i permafrostformationer och under havsbotten. Andra vätebundna nätverk härrör från hydrokinon, urea och tiourea. En mycket studerad värdmolekyl är Dianins förening.
Hofmannföreningar är samordningspolymerer med formeln Ni(CN)4-Ni(NH3)2. Dessa material kristalliserar med små aromatiska gäster (bensen, vissa xylener), och denna selektivitet har utnyttjats kommersiellt för separation av dessa kolväten. Metallorganiska ramverk (MOF) bildar clathrater.
Fotopolytiskt känsliga burföreningar har undersökts som behållare för att släppa ut ett läkemedel eller reagens.