Den 12 juli 1806, vid undertecknandet av fördraget om Rhenkonfederationen (tyska: Rheinbundakte) i Paris, slöt sig 16 tyska stater samman i en konfederation (i fördraget kallades de états confédérés du Rhinelande, med en föregångare i Rhenförbundet). ”Förbundets beskyddare” var ett ärftligt ämbete som innehades av den franske kejsaren Napoleon. Den 1 augusti avskilde sig konfederationens medlemmar formellt från det heliga romerska riket, och den 6 augusti, efter ett ultimatum från Napoleon, förklarade Franciskus II det heliga romerska riket upplöst. Frans och hans habsburgska dynastin fortsatte som kejsare av Österrike.
Enligt fördraget skulle konfederationen styras av gemensamma konstitutionella organ, men de enskilda staterna (särskilt de större) ville ha obegränsad suveränitet. Istället för ett monarkiskt statsöverhuvud, som den heliga romerska kejsaren hade haft, innehades dess högsta ämbete av Karl Theodor von Dalberg, den tidigare ärkekanslern, som nu bar titeln konfederationens prins-primat. I denna egenskap var han ordförande för kungakollegiet och ledde konfederationens riksdag, som var tänkt att vara ett parlamentsliknande organ, även om det aldrig sammanträdde i verkligheten. Ordföranden för prinsarnas råd var prins av Nassau-Usingen.
I gengäld för sitt stöd till Napoleon fick vissa härskare högre status: Baden, Hessen, Cleves och Berg gjordes till storhertigdömen, och Württemberg och Bayern blev kungadömen. Flera medlemsstater utvidgades också genom att man absorberade de territorier som tillhörde kejserliga grevar och riddare som vid den tiden var mediatiserade. De fick dock betala ett mycket högt pris för sin nya status. Förbundet var framför allt en militär allians; medlemsländerna var tvungna att upprätthålla betydande arméer för det ömsesidiga försvaret och förse Frankrike med ett stort antal militärer. När händelserna utspelade sig fann sig medlemmarna i konfederationen mer underordnade till Napoleon än de hade varit till Habsburgarna när de befann sig inom det heliga romerska riket.
När Preussen förlorade mot Frankrike 1806, övertalade Napoleon de flesta av Tysklands sekundärstater att ansluta sig till Rhenkonfederationen. Så småningom anslöt sig ytterligare 23 tyska stater till förbundet. Den var som störst 1808, då den omfattade 36 stater – fyra kungadömen, fem storhertigdömen, 13 hertigdömen, sjutton furstendömen och de fria Hansastäderna Hamburg, Lübeck och Bremen. Den västra stranden av Rhen och furstendömet Erfurt hade annekterats helt och hållet av det franska kejsardömet. Som antingen fransk kejsare eller beskyddare av Rhenkonfederationen var Napoleon nu alltså överherre över hela Tyskland utom Österrike, Preussen, danska Holstein och svenska Pommern samt det tidigare självständiga Schweiz, som inte ingick i konfederationen.
År 1810 annekterades snabbt stora delar av det som nu är nordvästra Tyskland till Frankrike för att bättre kunna övervaka handelsembargot mot Storbritannien, det kontinentala systemet.
Rhenkonfederationen kollapsade 1813, i efterdyningarna av Napoleons misslyckade invasion av det ryska imperiet. Många av dess medlemmar bytte sida efter slaget vid Leipzig, när det blev uppenbart att Napoleon skulle förlora det sjätte koalitionskriget.