SRA

Information om inlämning

Registrera en studie och försökspersoner med dbGaP

En interaktiv översikt över dbGaP-ansökan finns här.

Dokumentationspaketet för dbGaP-ansökan kan laddas ner [här.

Alla frågor som rör detta skede av inlämnandet ska ställas till [email protected].

SRA: Skicka in metadata om sekvensering till SRA Curator

Kontakta SRA-personal på [email protected] och ange din studies accession (phs######) i ämnesraden (det kommer att hjälpa till att tilldela din fråga till rätt person), så kommer SRA att tillhandahålla ett kalkylblad med metadata om sekvensering som du ska fylla i och skicka tillbaka.

Skolumnen för prover i kalkylbladet med sekvenseringsmetadata kommer att fyllas i förväg med dina dbGaP-identifierare (studiens accession och dbGaP:s prov-ID:er). Du måste fylla i kalkylbladet med nödvändiga tekniska detaljer och namn och MD5-kontrollsummor för de sekvensfiler som du kommer att ladda upp

Observera att varje library_id måste vara unik, titeln bör göra det möjligt för användarna att identifiera och särskilja dina sekvenser, och beskrivningen av utformningen bör vara en kort (1-3 meningar) material och metoder som beskriver hur biblioteket har förberetts och sekvenserats. Ytterligare instruktioner och beskrivningar finns i kalkylbladet. Ange designbeskrivningen som enradig text utan nya rader eller specialtecken.

SRA: Överför sekvensfiler till det skyddade SRA-kontot

En SRA-konservator kommer att hjälpa dig med filuppladdningen när ditt kalkylblad med metadata om sekvensering har fyllts i och skickats tillbaka.

Ladda upp datafilerna endast till det uppladdningskonto som du fått efter att du har fyllt i kalkylbladet med metadata.

Du måste:

1. Generera ett ssh-nyckelpar.
2. Förmedla den offentliga nyckelfilen (t.ex. *.pub) till NCBI.
3. Använda ascp för att överföra filer.

Submittörerna måste använda kommandoradsprogrammet ascp från Aspera för att överföra datafiler. ascp är paketerat med Aspera Connect, som är tillgängligt från nedladdningssidan här: Aspera Connect Downloads.

Detta program är gratis att använda för de som skickar data till och från NCBI. Kontrollera med ditt lokala nätverksteam att UDP-överföring är aktiverat för följande IP-område: 130.14.\*.\* och 165.112.\*.\*. Brandväggen måste också tillåta ssh-trafik utåt till NCBI.

Aspera-nyckelpar

Insändare måste generera nyckelpar för att kunna använda Aspera-uppladdningskontot (se anvisningar nedan för att skapa ett nyckelpar på olika operativsystem).

Sänd endast den offentliga nyckeln till den SRA-konservator som för närvarande assisterar för att få tillgång till [email protected]-uppladdningskontot.

Linux/Unix och OS X

Linux/Unix och OS X-användare kan använda kommandoraden ssh-keygen.

Med följande kommandorad skapas en privat nyckel (mykey) och en offentlig nyckel (mykey.pub) i den aktuella arbetskatalogen:

PuTTYgen för Windows

Anvisningar om hur man laddar ner och använder PuTTYgen för generering av nyckelpar finns i den mer detaljerade guiden här: Aspera Keys.

Aspera kommandoradsanvändning

När din nyckel har lagts till och du har fått tillgång kan du ladda upp dina filer via ascp.

Ett exempel på ascpkommando för dbGaP-uppladdning:

Om:

• <directory> är antingen test eller protected.
• <key file> är en fil med en privat nyckel (fullständigt sökvägsnamn måste användas).

Inställ inte -T-alternativet för skyddade överföringar.

Bekräfta mottagande av data

När alla filer och metadata har laddats upp ska du bekräfta med din SRA-konservator att SRA-delen av din dbGAP-insändning är komplett. Kuratorn kan tillhandahålla en rapport om de filer som laddats. Det finns också en nattlig rapport efter stickprov som tillhandahålls på dbGaP-webbplatsen. Ändra accession phs000000 i adressen nedan till din studie för rapporten. För rapporten i XML-format ändra rettype=html till rettype=xml.

.