1831 anlände fader Patrick O’Kelly för att hjälpa de irländska bosättarna i Washtenaw-området. Den första mässan i Ann Arbor hölls i ett privat hem den 12 juli 1835, och samma år inleddes arbetet med att bygga en permanent kyrka. Hans efterträdare, fader Thomas Cullen, köpte mark på East Kingsley Street nära Division Street 1842, och den första kyrkan byggdes på denna mark – den första tegelkyrkan i Ann Arbor. Den invigdes inte förrän 1845, eftersom biskop Lefevre inte invigde kyrkor förrän de var skuldfria.
Kyrkans kyrkogård, på North Main Street, förvärvades 1843, men invigdes inte förrän 1878. År 1868 förvärvade församlingen en före detta offentlig skola längre ner på gatan och öppnade sin församlingsskola, St Thomas the Apostle School, som firade sitt tvåhundraårsjubileum 2018.
Fr Edward D. Kelly blev präst 1891 och fann att den befintliga kyrkan var otillräcklig för församlingens behov. Han började 1896 samla in pengar till den nuvarande kyrkan, som invigdes 1899 och stod färdig 1905. Prästgården i gult tegel färdigställdes 1902 och ett kloster för systrarna från Marias obefläckade hjärta på Elizabeth Street 1911. Under årens lopp sponsrade församlingen det första sjukhuset i Ann Arbor samt två andra katolska församlingar.
År 1977 skildes årskurserna 9-12 från St. Thomas the Apostle School och blev Father Gabriel Richard Catholic High School, en fristående institution som flyttade till ett nytt campus 2003.