Masscytometri
Masscytometri, eller CyTOF (Fluidigm), är en variant av flödescytometri där antikroppar märks med tungmetallioner i stället för fluorokromer. Avläsningen sker med hjälp av masspektrometri med tid för flygning (time-of-flight mass spectrometry). Detta gör det möjligt att kombinera många fler antikroppsspecificiteter i ett enda prov, utan betydande spridning mellan kanaler. Vi har standardiserade paneler för immunfenotypning, fenotypning+intracellulär cytokinfärgning (ICS) och fenotypning+fosfo-CyTOF, var och en med 30-38 antikroppar. Kontakta [email protected] för mer information.
Immunofenotypning: Vår 33-antikroppar CyTOF-panel för immunfenotypning är utformad för användning med kryokonserverade PBMC, även om den skulle kunna anpassas för andra provtyper. Ett begränsat antal ytterligare antikroppar kan läggas till i öppna kanaler, i mån av tillgång.
Intracellulära cytokiner: Vår CyTOF ICS-panel med 38 antikroppar är främst inriktad på dissektion av T-cellsvar. Begränsade utbyten är möjliga (med vanliga utbyten enligt listan). Phospho-CyTOF: Vår 30-antikroppars phospho-CyTOF-panel kan användas tillsammans med de angivna stimulanserna för att utläsa ett brett spektrum av signalvägar i många olika cellundergrupper. Tillägg eller byten i denna panel är svårare på grund av kravet på att ytmarkörantikroppar ska fungera bra på fasta epitoper.
Se listan över standardantikroppar i dessa tre CyTOF-paneler här. (reviderad juni 2018)
För en videointervju med Dr. Mike Leipold om CyTOF-experimentella frågor, se https://www.youtube.com/watch?v=UYYq9jh7FgQ.
Användaranvisningar
1. Planering av din analys: CyTOF-analyser körs i partier med upp till 12 prover. Om du har fler prover, försök att randomisera dina batcher så att t.ex. fall och kontroller inte separeras i separata batcher.
2. Insamling av dina prover: Använd ett optimerat CRYOPRESERVATIONSPROTOKOLL för livskraftiga PBMC. Vi rekommenderar att man fryser 10^7 celler per kryoflaska och tillhandahåller en kryoflaska för var och en av ovanstående analyser. PBMC-bearbetning och kryokonserveringstjänster är också tillgängliga genom vår blodbehandlingsenhet.
3. Körning av dina prover: En onlinebeställning krävs innan proverna kan köras. Genomströmningstiden varierar beroende på projektets storlek och den aktuella arbetsbelastningen; mindre projekt kan vanligtvis slutföras inom 3-4 veckor efter beställning och provleverans.
4. Dataanalys: Vi tillhandahåller en standardiserad dataanalys med hjälp av programvaran FlowJo. En Excel-rapport med procentsatser för alla gated-populationer samt pdf-filer av gating-resultaten och alla fcs-filer tillhandahålls via Google Drive. För standardpaneler laddas Excel-data samtidigt upp till vår onlinedatabas, Stanford Data Miner, där de kan integreras med andra HIMC-data från ditt labb, liksom kliniska/demografiska data, om de tillhandahålls. Klicka på hjälplänken i det övre vänstra hörnet på hemsidan för Data Miner för att få instruktioner om hur du använder detta system.
Statistisk konsultation är tillgänglig genom HIMC Statistical Consulting Service.
Protokoll
Se vår sida Protokoll för detaljerade laboratorieprotokoll samt korta beskrivningar som lämpar sig för publikationer eller bidragsansökningar.
Tillkommande information:
- Mass Cytometry Review (Trends in Immunology)
- Analysera CyTOF-data i FlowJo