Renoverade rapporter visar att populationen av den kubanska krokodilen visar tecken på återhämtning; populationen i Zapata-träsket uppskattas till mellan 3 000 och 6 000 individer.
Det finns två huvudsakliga hot: jakt och hybridisering, särskilt med den amerikanska krokodilen, vilket begränsar artens rena genpool. Jakten ökade kraftigt från 1990-talet till idag och tjänar främst turistindustrin eller den lokala konsumtionen. Hybridisering har länge varit misstänkt men är dåligt förstådd. Nya genetiska studier ger bevis för att omfattande hybridisering äger rum i det vilda. En population i fångenskap finns i två områden (i Zapata Swamp och Lanier Swamp), men det finns starka misstankar om hybriddjur även i dessa populationer. Inget av dessa hot har lösts.
Denna art är upptagen i bilaga I till CITES. Det finns också direkta bevarandeåtgärder, bland annat program för uppfödning i fångenskap, återintroduktion och skyddade områden. Illegal jakt fortsätter att förekomma; därför krävs ytterligare avverkningsstyrning för att minska den nuvarande populationsnedgången.
Aktiva åtgärder pågår för att se till att båda de befintliga populationerna förblir väl skyddade, men en ytterligare viktig bevarandeprioritering är att etablera en alternativ vild population.