L’associazione fu fondata come American Association for the Advancement of Osteopathy il 19 aprile 1897, a Kirksville, Missouri, da studenti della American School of Osteopathy in particolare Andrew Taylor Still. Fu rinominata American Osteopathic Association nel 1901.
Nel settembre 1901, l’AOA iniziò a pubblicare una rivista scientifica intitolata Journal of the American Osteopathic Association. Gli abbonamenti erano offerti ai membri dell’AOA, e all’epoca la quota associativa era di 5 dollari all’anno. La rivista fu pubblicata bimestralmente per il primo anno, poi mensilmente in seguito. Nel 1903, l’AOA condusse la prima indagine di accreditamento delle scuole mediche osteopatiche. Tre anni dopo, l’Associazione Medica Americana condusse la sua prima indagine di accreditamento delle scuole mediche statunitensi che concedevano un MD. Nell’aprile 1927, l’AOA iniziò a pubblicare The Forum of Osteopathy, una rivista mensile che copriva le notizie relative alla medicina osteopatica, l’AOA e i gruppi correlati. Nel settembre 1960, la rivista fu rinominata The DO.
Nei primi anni del 1900, l’AOA, citando preoccupazioni sulla sicurezza e l’efficacia, si oppose all’introduzione della farmacologia nel curriculum della medicina osteopatica. Tuttavia, nel 1929 il consiglio dell’AOA votò per permettere l’insegnamento della farmacologia nelle scuole di D.O. Nel 1938, l’AOA iniziò a richiedere che gli studenti di medicina osteopatica avessero almeno un anno di corsi universitari, e nel 1940, l’AOA richiese due anni. Nel 1943, l’AOA fondò l’Healthcare Facilities Accreditation Program (HFAP), un’organizzazione che accredita gli ospedali e altre strutture sanitarie.
Nel 1957, il Dipartimento della Salute, dell’Educazione e del Welfare degli Stati Uniti riconobbe l’AOA come ente ufficiale di accreditamento per l’educazione medica osteopatica. Nel 1967, la National Commission on Accrediting (attualmente il Council for Higher Education Accreditation) ha riconosciuto l’AOA come agenzia ufficiale di accreditamento per tutti gli aspetti dell’educazione medica osteopatica. Il Department of Health, Education and Welfare (attualmente il Department of Health and Human Services) ha riconosciuto l’AOA come ente di accreditamento ufficiale per gli ospedali osteopatici sotto Medicare nel 1966. Nell’ottobre 2015, l’AOA ha venduto l’Healthcare Facilities Accreditation Program all’Accreditation Association for Hospitals/Health Systems.
Nel 2016, un gruppo di medici D.O. ha intentato una causa antitrust contro l’AOA (Talone et al. v. The American Osteopathic Association), contestando il requisito per i medici di acquistare l’adesione all’AOA come condizione per la certificazione del consiglio AOA. Nel 2018, l’AOA e i medici hanno raggiunto un accordo transattivo da 35 milioni di dollari. Come parte dell’accordo, l’AOA ha accettato di porre fine alla sua politica di richiedere ai medici di acquistare l’iscrizione all’AOA per ricevere la certificazione AOA. L’accordo è stato finalizzato nel 2019.
Nel 2021, l’AOA ha intentato una causa contro l’American Board of Internal Medicine (ABIM). La causa era diretta alla politica dell’ABIM che richiede ai direttori del programma di essere certificati dall’ABIM affinché i laureati di quella residenza siano idonei alla certificazione del consiglio dell’ABIM.
L’AOA sostiene l’annuale “D.O. Day on Capitol Hill”, dove più di 1.000 medici osteopatici (D.O.) e studenti di medicina osteopatica vanno a Washington, D.C. per incontrare i membri del Congresso per discutere le questioni attuali nell’assistenza sanitaria, come le sfide di accesso alle cure. L’evento serve come un’opportunità per i legislatori di imparare di più sull’assistenza sanitaria e la medicina osteopatica e per gli studenti di medicina di acquisire maggiore familiarità con il processo politico.