Margil entrò nell’ordine francescano nella sua città natale di Valencia, Spagna, il 22 aprile 1673. Dopo la sua ordinazione sacerdotale, si offrì volontario per le missioni dei nativi americani e arrivò a Vera Cruz il 6 giugno 1683. Fu di stanza nel collegio missionario di Santa Cruz, Querétaro, ma fu generalmente impegnato a raggiungere le missioni nello Yucatan, Costa Rica, Nicaragua e soprattutto in Guatemala.
Passava sempre a piedi nudi, senza sandali, digiunava tutti i giorni dell’anno, non usava mai carne o pesce, e si applicava senza pietà la disciplina e altri strumenti di penitenza. Dormiva pochissimo, ma passava in preghiera la maggior parte della notte, così come il tempo assegnato per la siesta.
Il 25 giugno 1706, Margil fu nominato primo guardiano del collegio missionario appena eretto di Guadalupe, Zacatecas. Nel 1716 guidò un gruppo di tre padri e due fratelli laici nel Texas, e fondò le missioni di Guadalupe tra i Nacogdoches, Dolores tra gli Ays, e San Miguel tra gli Aday. Questi siti si trovano nell’odierno Texas orientale e nella Louisiana settentrionale.
Quando i francesi distrussero queste missioni, padre Margil si ritirò sul Rio San Antonio (fiume San Antonio). Rimase vicino all’attuale città di San Antonio, Texas, per più di un anno. Lì fondò la Missione San José (Texas) per servire gli indiani Coahuiltecan.
Poi ritornò con i suoi sacerdoti sulla scena della sua precedente attività, restaurò le missioni e diede la sua attenzione ai coloni francesi della Louisiana. Nel 1722 fu eletto guardiano del suo collegio; al termine del suo mandato, riprese il lavoro missionario in Messico. Morì a Città del Messico nel Convento Grande di San Francisco.