Dal 1850 circa, la bandiera cambogiana presenta una raffigurazione di Angkor Wat al centro. La bandiera attuale, con un bonzo blu nel 1948. Fu usata fino al 9 ottobre 1970, quando fu introdotta una nuova bandiera per la Repubblica Khmer di Lon Nol che durò fino alla presa di potere dei Khmer rossi nel 1975. Il successivo stato della Kampuchea Democratica, che è esistito dal 1975 al 1979, ha usato una bandiera rossa con un disegno di Angkor Wat a tre torri mantenuto in giallo a partire dal 1976. La Repubblica Popolare di Kampuchea fu istituita nel 1979, dopo l’invasione vietnamita della Cambogia.
Il Fronte Unito Nazionale Kampucheano per la Salvezza Nazionale (FUNSK) riprese la bandiera adottata dal Khmer Issarak nei giorni della resistenza antifrancese per il nuovo stato. Questa bandiera aveva lo stesso schema di colori della bandiera DK, ma con una silhouette gialla a cinque torri di Angkor Wat. Quando la PRK si ribattezzò come “Stato della Cambogia” (SOC) nel 1989, la metà inferiore della bandiera divenne blu. La bandiera UNTAC fu usata durante il periodo di transizione 1992-1993 insieme alla bandiera del SOC all’interno della Cambogia.
Nel 1993, la bandiera cambogiana del 1948 fu riadottata. L’attuale bandiera cambogiana, insieme alle bandiere di Afghanistan, Bolivia, Portogallo, San Marino e Spagna, sono le uniche sei bandiere di stato che presentano un edificio. Il rosso e il blu sono i colori tradizionali della Cambogia.
La bandiera usata oggi è la stessa di quella stabilita nel 1948, anche se si dice che la vecchia bandiera abbia usato un contorno rosso per Angkor Wat mentre quella attuale usa specificamente il nero. Da quel momento, sono stati utilizzati altri cinque disegni intermedi. Quasi tutti hanno fatto uso dell’immagine del tempio di Angkor Wat in una forma o nell’altra. Questo famoso tempio, che risale al XII secolo, fu costruito dai monarchi Mahidharapura. Ha cinque torri, ma queste non erano sempre tutte raffigurate nella versione stilizzata usata sulle bandiere. La monarchia è stata restaurata nel settembre 1993, la bandiera del 1948 è stata riadottata nel giugno dello stesso anno.