Nel 1831, P. Patrick O’Kelly arrivò per servire i coloni irlandesi nella zona di Washtenaw. La prima messa ad Ann Arbor fu celebrata in una casa privata il 12 luglio 1835, e gli sforzi iniziarono quell’anno per erigere una chiesa permanente. Il suo successore, P. Thomas Cullen, acquistò un terreno su East Kingsley Street vicino a Division Street nel 1842, e la prima chiesa fu costruita su questo terreno – la prima chiesa in mattoni di Ann Arbor. Non fu dedicata fino al 1845, poiché il vescovo Lefevre non dedicava le chiese finché non erano libere da debiti.
Il cimitero della chiesa, su North Main Street, fu acquistato nel 1843, ma non consacrato fino al 1878. Nel 1868, la parrocchia acquistò una ex scuola pubblica in fondo alla strada e aprì la sua scuola parrocchiale, la St. Thomas the Apostle School, che ha celebrato il suo sesquicentenario nel 2018.
Fr. Edward D. Kelly divenne pastore nel 1891, e trovò la chiesa esistente inadeguata ai bisogni della parrocchia. Egli iniziò a raccogliere fondi nel 1896 per la chiesa attuale, che fu dedicata nel 1899 e completata nel 1905. La canonica di mattoni gialli fu completata nel 1902, e un convento per le Suore del Cuore Immacolato di Maria in Elizabeth Street nel 1911. Nel corso degli anni, la parrocchia ha sponsorizzato il primo ospedale di Ann Arbor e altre due parrocchie cattoliche.
Nel 1977, le classi dalla 9 alla 12 sono state separate dalla scuola di San Tommaso Apostolo e sono diventate la scuola superiore cattolica Padre Gabriel Richard, un istituto indipendente. che si è trasferito in un nuovo campus nel 2003.