Dopo essersi ritirato dalla guida agonistica all’età di 25 anni, Horner firmò Viktor Maslov e Marc Goossens per la stagione 1999 della FIA F3000. Prima dell’inizio di quell’anno l’organizzazione Prodrive di Dave Richards ha acquistato una quota del 50% di Arden per conto della compagnia petrolifera russa Lukoil, il cui capo era il padre di Maslov. Horner ha ricomprato la quota di Prodrive in Arden dopo una stagione. Darren Manning è stato firmato per sostituire Goossens per la stagione 2000-2001, segnando una pole e due podi.
Arden ha anche gareggiato in F3000 italiano nel 2000 vincendo tre gare e finendo secondo nel campionato con Warren Hughes.
Dopo la separazione con Lukoil, un nuovo driver line-up è stato reclutato per il 2002, con Tomáš Enge e Björn Wirdheim che sono stati portati per sostituire Manning e Maslov. La squadra ottenne cinque vittorie (quattro per Enge, una per Wirdheim), ed Enge vinse il titolo quell’anno, ma fu retrocesso al terzo posto dopo un test antidroga fallito, consegnando il titolo a Sébastien Bourdais. Arden vinse il campionato a squadre.
Wirdheim rimase nel 2003, con Enge sostituito da Townsend Bell. Björn Wirdheim vinse il titolo con un margine di 35 punti sul secondo classificato Ricardo Sperafico. Arden mantenne il campionato a squadre.
La stagione finale di F3000, 2004, fu dominata dal pilota principale di Arden, Vitantonio Liuzzi; il supporto di Robert Doornbos aiutò a garantire entrambi i titoli del campionato piloti e costruttori con un ampio margine. La squadra vinse otto dei dieci round del campionato quell’anno, con Liuzzi che ne vinse sette e Doornbos uno. Liuzzi è stato portato al team dal suo manager, Helmut Marko, con la sponsorizzazione della Red Bull. In questo periodo Horner ha basato il suo Arden International Team nei locali Prodrive a Banbury, prima di trasferirli nell’ex struttura 22 Motorsport nelle vicinanze.
A questo punto Horner stava cercando un’opportunità per passare alla Formula Uno. Dopo che le discussioni con Eddie Jordan riguardo l’acquisto del Jordan Grand Prix non hanno portato a nulla a causa di disaccordi sui costi, nel novembre 2004 l’azienda austriaca di bevande energetiche, Red Bull, ha acquistato il Jaguar F1 Team, che è diventato Red Bull Racing. Nel gennaio 2005, Horner è stato nominato a capo della squadra, diventando il più giovane team principal al momento. Nonostante sia stato nominato solo otto settimane prima del Gran Premio d’Australia di apertura della stagione, la squadra ha avuto un buon inizio sotto la sua direzione, con i piloti David Coulthard e Christian Klien che sono arrivati quarto e settimo in Australia, e hanno continuato a segnare un totale di 34 punti per la squadra rispetto ai nove presi dalla Jaguar l’anno precedente. Ha anche giocato un ruolo chiave nel reclutamento di Adrian Newey, che è stato annunciato come capo tecnico del team nel novembre 2005.
2006 è stato un anno di transizione: quando Newey ha iniziato a lavorare alla Red Bull nel febbraio 2006, la macchina di quell’anno (la RB2) era già stata progettata, e la squadra è passata dal Cosworth ai motori Ferrari dei clienti, che si surriscaldavano e non erano affidabili. Tuttavia la squadra ha preso il suo primo podio al Gran Premio di Monaco, dove Horner saltò in una piscina indossando solo un mantello di Superman per festeggiare.
2007 ha portato la RB3, la prima auto progettata da Newey, e l’arrivo di Mark Webber e motori Renault, tuttavia la squadra ha continuato a soffrire di problemi di affidabilità, con la macchina sopportando 14 ritiri e segnando un solo podio, mentre la squadra è scesa al settimo posto nel campionato costruttori l’anno successivo.
Il team ha terminato un ottimo secondo posto nel campionato costruttori 2009, con i piloti Sebastian Vettel e Mark Webber che sono arrivati rispettivamente secondo e quarto nella corsa al titolo piloti, e hanno ottenuto sei vittorie tra loro. Nel 2010, la squadra ha vinto il suo primo campionato costruttori con una gara di anticipo, e Sebastian Vettel ha vinto il campionato piloti all’ultima gara della stagione, diventando il più giovane campione del mondo. A 36 anni, Horner è stato il più giovane team principal a vincere un campionato costruttori di Formula 1. Nel 2011 il team ha vinto il suo secondo campionato costruttori con tre gare di anticipo, con Sebastian Vettel che è diventato il più giovane doppio campione del mondo. Nel 2012 il team ha vinto il suo terzo campionato costruttori con una gara d’anticipo. Sebastian Vettel è diventato il più giovane triplo campione del mondo. Nel 2013 la Red Bull Racing ha vinto il suo quarto campionato costruttori di F1 consecutivo mentre Sebastian Vettel ha vinto il suo quarto campionato piloti.