La cladogenesi è una scissione evolutiva di una specie madre in due specie distinte, che formano un clade.
Questo evento di solito si verifica quando pochi organismi finiscono in nuove aree, spesso lontane, o quando i cambiamenti ambientali causano diverse estinzioni, aprendo nicchie ecologiche per i sopravvissuti e causando colli di bottiglia della popolazione ed effetti fondatore che cambiano le frequenze alleliche delle popolazioni divergenti rispetto alla loro popolazione ancestrale. Gli eventi che fanno sì che queste specie si separino originariamente l’una dall’altra su aree distanti possono ancora permettere ad entrambe le specie di avere uguali possibilità di sopravvivere, riprodursi e persino evolversi per adattarsi meglio ai loro ambienti, pur essendo ancora due specie distinte grazie alla successiva selezione naturale, alle mutazioni e alla deriva genetica.
La cladogenesi è in contrasto con l’anagenesi, in cui una specie ancestrale accumula gradualmente cambiamenti, e alla fine, quando se ne accumulano abbastanza, la specie è sufficientemente distinta e abbastanza diversa dalla sua forma originale di partenza da poter essere etichettata come una nuova forma – una nuova specie. Si noti che con l’anagenesi il lignaggio in un albero filogenetico non si divide.
Per determinare se un evento di speciazione è una cladogenesi o un’anagenesi, i ricercatori possono usare la simulazione, le prove dai fossili, le prove molecolari dal DNA di diverse specie viventi, o la modellazione. È stato tuttavia discusso se la distinzione tra cladogenesi e anagenesi sia necessaria nella teoria evolutiva.