Blakeman frequentò l’Università del Nebraska dal 1984 al 1987, servendo principalmente come quarterback di riserva per i Nebraska Cornhuskers, comprese le stagioni 1986 e 1987 dietro il titolare Steve Taylor.
Durante la partita del Nebraska contro i non classificati Colorado Buffaloes il 25 ottobre 1986, il capo allenatore Tom Osborne sostituì Taylor con Blakeman nel quarto quarto. Colorado limitò ancora Blakeman a 4 completi su 6 per 37 yard, e tenne duro per sconvolgere gli Huskers, 20-10, la loro prima vittoria su Nebraska dal 1967 e la prima vittoria dei Buffaloes su Nebraska in casa dal 1960.
Blakeman giocò nello Sugar Bowl del 1987, una vittoria 30-15 sul campione della Southeastern Conference LSU.
Il 3 ottobre 1987, South Carolina stava conducendo Nebraska, 21-13, quando Taylor lasciò la partita dopo essersi infortunato alla spalla nell’ultima azione del terzo quarto. In soccorso, Blakeman completò il suo unico passaggio per 8 yard. Ma aiutati da un forte gioco di corsa, e dalla difesa delle camicie nere del Nebraska che forzò due turnover e permise solo 9 yard nel quarto quarto, gli Huskers si radunarono intorno a Blakeman per segnare 17 punti senza sosta e vincere, 30-21.
Blakeman iniziò anche due partite al posto di un infortunato Taylor, entrambe le quali furono vittorie sui Kansas Jayhawks. Il 15 novembre 1986, lanciò tre passaggi da touchdown e corse per un altro mentre conduceva il Nebraska ad un 70-0, la peggiore sconfitta nella storia dei Jayhawk e il più grande shutout del Nebraska fino a quel momento. E il 10 ottobre 1987, Blakeman completò 10 passaggi su 12 per 100 yard e un touchdown nella vittoria 54-2 di Nebraska su Kansas.