L’intensificazione dell’agricoltura si accompagna all’uso diffuso di erbicidi che influenzano negativamente la biodiversità acquatica. Gli effetti degli erbicidi sui cianobatteri produttori di tossine sono stati poco studiati. Il presente studio ha voluto indagare gli effetti tossicologici e fisiologici dell’erbicida cletodim su Raphidiopsis raciborskii (a.k.a. Cylindrospermopsis raciborskii) ITEPA1 e Microcystis aeruginosa BCCUSP232. Il quarto giorno dell’esperimento, l’esposizione a 25 mg/L di cletodim ha portato alla più alta densità cellulare di R. raciborskii. Allo stesso modo, l’esposizione ai trattamenti 1, 5, 20, e 50 mg/L cletodim ha portato alle più alte densità cellulari di M. aeruginosa il giorno 4 dell’esperimento. Le concentrazioni di effetto medio (EC50) dopo 96 ore di esposizione di entrambi i ceppi al cletodim erano 192,98 mg/L e 168,73 mg/L per R. raciborskii e M. aeruginosa, rispettivamente. La presenza di cletodim ha aumentato significativamente il contenuto totale di microcistina di M. aeruginosa rispetto alle colture di controllo. A 400 mg/L, il contenuto totale di saxitossine di R. raciborskii era del 27% superiore a quello delle culture di controllo al giorno 4. Al contrario, le culture esposte a 100 mg/L di cletodim avevano i più bassi livelli di saxitossine per quota cellulare. C’è stato un aumento dei livelli di perossido di idrogeno intracellulare in entrambe le specie durante l’esposizione al cletodim, che è stato seguito da cambiamenti significativi (p < 0,05) nell’attività degli enzimi antiossidanti come perossidasi e superossido dismutasi. Questi risultati hanno rivelato che la presenza di bassi livelli di cletodim nell’ambiente acquatico potrebbe portare alla proliferazione eccessiva dei cianobatteri e all’alterazione del loro contenuto di cianotossine.