Il 12 luglio 1806, alla firma del Trattato della Confederazione del Reno (tedesco: Rheinbundakte) a Parigi, 16 stati tedeschi si unirono in una confederazione (il trattato la chiamava gli états confédérés du Rhinelande, con un precursore nella Lega del Reno). Il “Protettore della Confederazione” era una carica ereditaria dell’imperatore dei francesi, Napoleone. Il 1º agosto i membri della confederazione si separarono formalmente dal Sacro Romano Impero, e il 6 agosto, a seguito di un ultimatum di Napoleone, Francesco II dichiarò il Sacro Romano Impero dissolto. Francesco e la sua dinastia asburgica continuarono come imperatori d’Austria.
Secondo il trattato, la confederazione doveva essere gestita da organi costituzionali comuni, ma i singoli stati (in particolare quelli più grandi) volevano una sovranità illimitata. Invece di un capo di stato monarchico, come aveva avuto il Sacro Romano Imperatore, la sua più alta carica fu tenuta da Karl Theodor von Dalberg, l’ex Arcicancelliere, che ora portava il titolo di Principe-Primato della confederazione. Come tale, era presidente del Collegio dei Re e presiedeva la Dieta della Confederazione, progettata per essere un corpo simile al parlamento, anche se non si riunì mai veramente. Il presidente del Consiglio dei Principi era il principe di Nassau-Usingen.
In cambio del loro sostegno a Napoleone, alcuni governanti ricevettero status più elevati: Baden, Assia, Cleves e Berg furono trasformati in granducati, mentre Württemberg e Baviera divennero regni. Diversi stati membri furono anche allargati con l’assorbimento dei territori dei conti imperiali e dei cavalieri che furono mediatizzati in quel periodo. Essi dovettero però pagare un prezzo molto alto per il loro nuovo status. La Confederazione era soprattutto un’alleanza militare; gli stati membri dovevano mantenere consistenti eserciti per la difesa reciproca e fornire alla Francia un gran numero di personale militare. Per come si svolsero gli eventi, i membri della confederazione si trovarono più subordinati a Napoleone di quanto non fossero stati agli Asburgo quando erano all’interno del Sacro Romano Impero.
Dopo che la Prussia perse contro la Francia nel 1806, Napoleone convinse la maggior parte degli stati secondari della Germania a entrare nella Confederazione del Reno. Alla fine, altri 23 stati tedeschi si unirono alla Confederazione. Era al suo massimo nel 1808, quando includeva 36 stati-quattro regni, cinque granducati, 13 ducati, diciassette principati e le città della Libera Hansa di Amburgo, Lubecca e Brema. La riva occidentale del Reno e il Principato di Erfurt erano stati annessi completamente dall’Impero francese. Così, come imperatore dei francesi o protettore della Confederazione del Reno, Napoleone era ora il signore di tutta la Germania tranne l’Austria, la Prussia, l’Holstein danese e la Pomerania svedese, più la Svizzera precedentemente indipendente, che non erano inclusi nella Confederazione.
Nel 1810 ampie parti di quella che oggi è la Germania nord-occidentale furono rapidamente annesse alla Francia per meglio controllare l’embargo commerciale con la Gran Bretagna, il Sistema Continentale.
La Confederazione del Reno crollò nel 1813, in seguito alla fallita invasione di Napoleone dell’Impero Russo. Molti dei suoi membri cambiarono parte dopo la battaglia di Lipsia, quando divenne evidente che Napoleone avrebbe perso la guerra della sesta coalizione.
La Confederazione del Reno crollò nel 1813.