Come risultato di questa vittoria, Sparta sconfisse gli ateniesi e cercò di ritagliarsi un proprio impero nell’Egeo. I suoi rapporti con la Persia si deteriorarono e Sparta iniziò a razziare le satrapie di Farnabazio e Tissaphernes in Anatolia. Nel 397 a.C. Farnabazio aveva convinto il re persiano Artaserse a proseguire la guerra via mare e aveva radunato una flotta di 300 navi fenicie e cipriote. Il loro numero sarebbe stato schiacciante, ma avevano bisogno di un comandante esperto, e così trovarono Conone a Cipro, che era fin troppo felice di avere la possibilità di vendicarsi dei Peloponnesi.
Prima Conone si spostò in Caria con una piccola parte della flotta, dove fu bloccato per un certo periodo, ma poi salvato da Farnabazio e Tissaphernes. Poi procedette verso Rodi, dove l’oligarchia filo-spartana fu sostituita da una democrazia, e riuscì a catturare i rifornimenti di cibo inviati dall’Egitto. In risposta a ciò, gli spartani decisero di inviare la loro marina, ma fecero l’errore di affidarla a Peisandro, che non aveva esperienza. La battaglia ebbe luogo a Cnido nel 394 a.C. e fu un facile e schiacciante successo persiano. Le città dell’Egeo espulsero le guarnigioni spartane e accettarono il dominio persiano.
Dopo questo successo, Conone sentì che era sicuro per lui tornare ad Atene. Farnabazio gli permise di mantenere parte della flotta e fornì denaro per la fortificazione del Pireo e la ricostruzione delle lunghe mura che lo univano ad Atene. Queste azioni significavano che alcuni dei principali risultati della guerra del Peloponneso erano stati annullati – Atene aveva riguadagnato la sua posizione di grande potenza in Grecia, e anche se aveva ancora perso il suo impero, a Sparta era stato impedito di prenderlo.
L’anno successivo gli Spartani avevano aperto negoziati con i Persiani, e al fine di garantire la loro posizione in Grecia offrirono di consegnare loro tutte le città in Anatolia. Gli ateniesi inviarono dei delegati (tra cui Conone) per annunciare che ciò era inaccettabile, cosa che Tiribazio capì nel senso che essi speravano ancora di recuperare il loro impero e, oltraggiato da questo voltafaccia, li gettò in prigione, tra cui Conone. Gli scrittori antichi danno resoconti contrastanti della sua fine: alcuni sostengono che fu mandato nell’interno dell’Asia e messo a morte; altri resoconti, probabilmente più probabili, registrano che si ritirò a Cipro e morì lì. Suo figlio Timoteo divenne in seguito un altro importante generale.