Nedávné studie ukázaly, že alopolyploidie urychluje evoluci genomů pšenice dvěma způsoby: (1) alopolyploidizace vyvolává rychlé změny genomu (revoluční změny) prostřednictvím okamžitého vzniku řady kardinálních genetických a epigenetických změn a (2) alopolyploidní stav usnadňuje sporadické změny genomu během života druhu (evoluční změny), které nejsou dosažitelné na diploidní úrovni. Revoluční změny zahrnují (1) náhodnou eliminaci kódujících a nekódujících sekvencí DNA, (2) epigenetické změny, jako je metylace DNA kódující a nekódující DNA vedoucí mimo jiné k umlčení genů, (3) aktivaci genů a retroelementů, která následně mění expresi sousedních genů. Tyto vysoce reprodukovatelné změny se objevují u F1 hybridů nebo v první generaci (generacích) vznikajících alopolyploidů a byly podobné těm, které se v přírodě vyskytly dvakrát: poprvé při vzniku alotetraploidní pšenice (přibližně před 0,5 milionu let) a podruhé při vzniku hexaploidní pšenice (přibližně před 10 000 lety). Eliminace nekódujících sekvencí z jednoho ze dvou homoeologických párů u tetraploidů a ze dvou homoeologických párů u hexaploidů zvyšuje diferenciaci homoeologických chromozomů na polyploidní úrovni, čímž poskytuje fyzikální základ pro diploidní meiotické chování alotopolyploidní pšenice. Regulace genové exprese může vést ke zlepšení mezigenomových interakcí. Inaktivace genů vede k rychlé diploidizaci, zatímco aktivace genů prostřednictvím demetylace nebo transkripční aktivace retroelementů měnících expresi sousedních genů vede k novým vzorcům exprese. Evoluční změny zahrnují (1) horizontální mezigenomový přenos chromozomových segmentů mezi složenými genomy, (2) tvorbu rekombinantních genomů prostřednictvím hybridizace a introgrese mezi různými alopolyploidními druhy nebo vzácněji mezi alopolyploidy a diploidy a (3) mutace. Tyto jevy, zdůrazňující plasticitu genomu z hlediska struktury i funkce, by mohly zlepšit adaptabilitu nově vzniklých alopolyploidů a usnadnit jejich rychlé a úspěšné etablování v přírodě.