Brothers navrhl, že amygdala je důležitou součástí neuronální sítě, která je základem sociálního poznávání. A Bauman a Kemper pozorovali známky neuropatologie v amygdale postmortálního mozku autistů. Tato zjištění spolu s nedávnými údaji z funkčního neurozobrazování vedla Barona-Cohena a jeho kolegy k návrhu, že dysfunkce amygdaly může být částečně zodpovědná za poruchu sociálních funkcí, která je charakteristickým rysem autismu. Nedávné údaje ze studií v naší laboratoři o účincích lézí amygdaly u opic makaků jsou v rozporu se zásadní úlohou amygdaly v sociálním chování. Pokud amygdala není nezbytná pro normální sociální chování, což se zdá být případem jak u nehumánních primátů, tak u vybraných pacientů s bilaterálním poškozením amygdaly, pak je nepravděpodobné, že by byla substrátem abnormálního sociálního chování u autismu. Poškození amygdaly však má vliv na reakci opic na podněty, které běžně vyvolávají strach, jako jsou hadi, a odstraňuje přirozenou neochotu zapojit se do sociálních interakcí s novými druhy. Tato zjištění vedou k závěru, že důležitá role amygdaly spočívá v detekci hrozeb a mobilizaci odpovídající behaviorální reakce, jejíž součástí je strach. Pokud je amygdala u osob s autismem patologická, může přispívat spíše k jejich abnormálnímu strachu a zvýšené úzkosti než k jejich abnormálnímu sociálnímu chování.