Margil vstoupil do františkánského řádu ve svém rodném městě Valencii ve Španělsku 22. dubna 1673. Po vysvěcení na kněze se dobrovolně přihlásil do indiánských misií a 6. června 1683 dorazil do Vera Cruz. Byl umístěn v misionářské koleji v Santa Cruz v Querétaro, ale obecně se angažoval v dosahu misií na Yucatánu, Kostarice, Nikaragui a zejména v Guatemale.
Vždy chodil bos, bez sandálů, postil se každý den v roce, nikdy nepoužíval maso ani ryby a nemilosrdně na sebe uplatňoval kázeň a další nástroje pokání. Spal velmi málo, ale větší část noci, stejně jako dobu určenou k siestě, trávil na modlitbách.
Dne 25. června 1706 byl Margil jmenován prvním gvardiánem nově vybudované misionářské koleje v Guadalupe v Zacatecasu. V roce 1716 vedl skupinu tří otců a dvou laických bratří do Texasu a založil misie Guadalupe mezi Nacogdoches, Dolores mezi Ays a San Miguel mezi Adays. Tato místa se nacházejí v dnešním východním Texasu a severní Louisianě.
Když Francouzi tyto misie zničili, otec Margil se stáhl k řece Rio San Antonio (San Antonio). Poblíž dnešního města San Antonio v Texasu zůstal déle než rok. Tam založil misii San José (Texas), která sloužila indiánům kmene Coahuiltecan.
Poté se se svými kněžími vrátil na místo svého dřívějšího působení, obnovil misie a věnoval se francouzským osadníkům v Louisianě. V roce 1722 byl zvolen guvernérem své koleje; po skončení funkčního období se vrátil k misijní práci v Mexiku. Zemřel v Mexico City v Convento Grande de San Francisco
.