Apolinario Mabini se narodil 22. července 1864 v Talaga, Tanauan, Batangas. Jeho rodiče patřili k chudým rolníkům. V roce 1881 studoval na Colegio de San Juan de Letran a v roce 1894 na univerzitě Santo Thomas, kde získal titul právníka. Během této doby si vydělával na živobytí výukou latiny a poté působil jako opisovač u prvoinstančního soudu v Manile.
V roce 1896 onemocněl Mabini nemocí, pravděpodobně dětskou paralýzou, která ho připravila o používání nohou. Když koncem téhož roku vypuklo povstání katipunánů, španělské úřady ho zatkly. Mnozí nevěděli, že Mabini byl již členem reformistického sdružení José Rizala, Liga Filipina. A přestože byl jako pacifistický reformátor zpočátku k ozbrojenému povstání Andrese Bonifacia skeptický, později se Mabini přesvědčil o téměř fanatické touze lidu po emancipaci. Následně vydával podvratné manifesty vyzývající všechny Filipínce ke sjednocení proti Španělsku.
V květnu 1898 povolal Emilio Aguinaldo Mabiniho, aby působil jako jeho poradce. Mabini formuloval slavný dekret z 18. června, který reorganizoval místní vládu pod filipínskou kontrolou. Jeho politiku v průběhu celého boje lze vystihnout výrokem v tomto dekretu: „První povinností vlády je věrně interpretovat vůli lidu. “ Mabini se také zasloužil o dohled nad řádným výkonem spravedlnosti, volbou delegátů na revoluční kongres a vytvořením samotného mechanismu revoluční vlády.
Když byl 15. září 1898 svolán revoluční kongres do Barasoain v Malolosu v Bulacanu, Mabini se postavil proti plánům bohaté buržoazie na vypracování ústavy. Domníval se, že vzhledem k mimořádným válečným podmínkám je úkolem kongresu pouze radit prezidentovi, a nikoli navrhovat ústavu. Mabini, poražený většinou, pak předložil svůj vlastní ústavní plán, založený na Stanovách univerzálního zednářství. Ten byl odmítnut ve prospěch složeného návrhu předloženého Felipe G. Calderonem, který se stal základem Maloloské ústavy první Filipínské republiky.
Mabiniho konflikt se spiknutím vlastníků nemovitostí a třídy statkářů v kongresu vedl v roce 1899 k jeho zatmění jako Aguinaldova důvěryhodného poradce – jediného kompetentního myslitele a teoretika v Aguinaldově kabinetu. Mabinimu se podařilo odhalit zlovolný oportunismus kliky Paterno-Buencamino, která se snažila získat kontrolu nad finančními transakcemi revoluční vlády a profitovat z nich. Když Aguinaldův tábor prchal před postupujícími americkými jednotkami, byl Mabini 10. prosince 1899 zajat. Přestože odmítal složit přísahu věrnosti americké vládě a nadále podporoval povstalce v jejich ideologickém boji, byl v roce 1901 deportován na Guam. Zemřel 13. května 1903.
Mabiniho hlavní dílo La Revolution Filipina, odůvodněná analýza a přesvědčivá argumentace týkající se ideologických důsledků revoluce proti Španělsku a odporu proti americkým okupantům, odhaluje pokrokové a demokratické impulsy, které stály za jeho myšlením. Vždy se snažil být prostředníkem mezi vůlí lidu a rozhodnutími jeho vůdců. Byl nezištným a oddaným vlastencem.