Střední škola Cardinal Mooney byla založena v roce 1956 a je provozována římskokatolickou diecézí Youngstown. Na počátku 50. let 20. století si diecéze Youngstown uvědomila potřebu rozšířit střední školu Ursuline High School a vybudovat novou církevní střední školu na jižní straně města. V roce 1953 získal biskup Emmet M. Walsh od oddělení parků v Youngstownu pozemek, na kterém se nyní nachází střední škola Cardinal Mooney High School, a začal organizovat výbor pro získávání finančních prostředků pro střední školu.
Pozemek byl položen v roce 1954 a na podzim roku 1955 byla zorganizována první třída prváků, která začala navštěvovat výuku ve starém klášteře Glenmary. Výstavba budovy Cardinal Mooney byla dokončena včas před prvním školním dnem v září 1956. Do prvního nebo druhého ročníku bylo zapsáno celkem 610 studentů. Škola byla pojmenována po kardinálu Edwardu Mooneym, bývalém jihoslovanském arcibiskupovi z Detroitu. Vynikl jako učenec a vatikánský diplomat.
Prvním ředitelem školy byl jmenován otec William Anthony Hughes, pozdější biskup v Covingtonu ve státě Kentucky. Jako barvy školy byly zvoleny červená a zlatá. Symbolizovaly krev mučedníků a odpovědnost všech křesťanů za přijetí utrpení a Nejsvětější svátosti.
Počáteční profesorský sbor tvořily sestry z uršulinek, dominikánek, Notre Dame a vincentek, dva kněží a pět laických učitelů.
V červnu 1959 slavila první absolventská třída bakalářskou mši v katedrále svatého Kolumbána a 7. června se ve Stambaughově posluchárně konaly slavnostní promoce.
Počátkem 60. let počet studentů rychle rostl. V roce 1960 se plánovala přístavba kláštera Cardinal Mooney a přetlak studentů opět navštěvoval výuku ve starém klášteře Glenmary. Přístavba byla otevřena v roce 1961. Zahrnovala posluchárnu, sedm učeben a fyzikální laboratoř.
Na začátku roku 2000 získal Cardinal Mooney do vlastnictví dvě vojenské přístavby, které sousedily s areálem školy. Krátce po získání těchto nemovitostí probíhala výstavba nového sportovního areálu střední školy. Sportovní komplex Cardinal Mooney, dokončený koncem roku 2001, přináší dobře vybavený atletický tréninkový areál, kde se mohou pořádat oficiální atletické soutěže OHSAA. Komplex zahrnuje regulérní fotbalové hřiště, dvě přilehlá tréninková hřiště, dva tenisové kurty, tréninkový putting green, tréninkové fotbalové hřiště, dvě tréninková baseballová hřiště, malou odpalovací klec, tréninkový bazén a pogumovanou dráhu po celé délce obklopující hlavní fotbalové hřiště. Přístavby americké armády a amerického námořnictva zůstaly během výstavby stát, ale Rush Boulevard byl zasypán vrchní vrstvou zeminy a odříznut od zadního pozemku. Budovy, nyní označované jako Cardinal Mooney Industrial Arts Center, byly od té doby přeměněny na garáže, kde mohou třídy dílen pracovat na vozidlech a během letních přestávek se zde vyučuje autoškoly.
2013 relocationEdit
Dne 3. září 2013 schválil biskup římskokatolické diecéze Youngstown George Murry přemístění střední školy z jižní části Youngstownu na předměstí Mahoning County. Jeho souhlas se však setkal s podmínkami, které zahrnovaly prokázání dostatečné finanční podpory jak pro novou budovu střední školy, tak pro nadační fond, který by poskytoval stipendia studentům, kteří se potýkají s chudobou a dalšími sociálními omezeními.
Studie zveřejněná v dubnu 2013 (provedená společností Catholic School Management, Inc. v Madisonu ve státě Connecticut) určila, že škola si udrží lepší počet žáků a po delší dobu, pokud se přestěhuje.
Biskup Murry byl původně proti přestěhování a uvedl, že velkou roli při tomto rozhodnutí hrálo to, že by bylo levnější provést rekonstrukci než postavit novou budovu. Kromě toho ve svém prohlášení uvedl, že je důležité, aby diecéze byla dobrým správcem svých financí. Diecézní superintendent katolických škol zopakoval Murryho původní stanovisko a uznal plány, které lze uskutečnit pro budoucnost školy na jejím současném místě. Toto téma vyvolávalo mezi rodiči a absolventy polemiku již od roku 2013, kdy se o stěhování začalo diskutovat.
Pro školní rok 2015 byla na současném místě zahájena rekonstrukce, a proto je stěhování nepravděpodobné. Škola je na svém současném místě na Erie Street od roku 1956.