Hmotnostní cytometrie
Hmotnostní cytometrie neboli CyTOF (Fluidigm) je varianta průtokové cytometrie, při níž jsou protilátky značeny ionty těžkých kovů namísto fluorochromů. Odečítání probíhá pomocí hmotnostní spektrometrie v čase letu. To umožňuje kombinovat mnohem více specifit protilátek v jediném vzorku, aniž by docházelo k výraznému přelévání mezi kanály. Máme standardizované panely pro imunofenotypizaci, fenotypizaci+intracelulární barvení cytokiny (ICS) a fenotypizaci+fosfo-CyTOF, každý s 30 až 38 protilátkami. Podrobnosti získáte na adrese [email protected].
Immunofenotypizace: Náš panel imunofenotypizace CyTOF s 33 protilátkami je určen pro použití s kryokonzervovanými PBMC, lze jej však přizpůsobit i pro jiné typy vzorků. Podle dostupnosti lze do otevřených kanálů přidat omezený počet dalších protilátek.
Intracelulární cytokiny: Náš panel 38 protilátek CyTOF ICS je zaměřen především na pitvu T buněčných odpovědí. Jsou možné omezené záměny (s běžnými záměnami podle seznamu).
Fosfo-CyTOF: Náš panel 30 protilátek fosfo-CyTOF lze použít s uvedenými podněty ke čtení široké škály signálních drah v mnoha různých buněčných podskupinách. Přidání nebo záměny v tomto panelu jsou obtížnější vzhledem k požadavku, aby protilátky proti povrchovým markerům dobře fungovaly na fixovaných epitopech.
Zde naleznete seznam standardních protilátek v těchto třech panelech CyTOF. (revidováno v červnu 2018)
Videorozhovor s Dr. Mikem Leipoldem o experimentálních otázkách přístroje CyTOF viz https://www.youtube.com/watch?v=UYYq9jh7FgQ.
Pokyny pro uživatele
1. Plánování testu: Analýzy CyTOF se provádějí v dávkách až 12 vzorků. Pokud máte více vzorků, snažte se dávky randomizovat tak, aby například případy a kontroly nebyly rozděleny do samostatných dávek.
2. Sběr vzorků: Použijte prosím optimalizovaný PROTOKOL KRYOPREZERVACE pro životaschopné PBMC. Doporučujeme zmrazit 10^7 buněk na jednu kryovialku a dodat jednu kryovialku pro každý z výše uvedených testů. Služby zpracování a kryokonzervace PBMC jsou k dispozici také prostřednictvím naší jednotky pro zpracování krve.
3. Zpracování vašich vzorků: Před spuštěním vzorků je nutné provést online objednávku. Doba realizace se liší v závislosti na velikosti vašeho projektu a aktuálním pracovním vytížení; menší projekty lze obvykle dokončit do 3-4 týdnů od zadání objednávky a dodání vzorků.
4. Analýza dat: Poskytujeme standardní analýzu dat pomocí softwaru FlowJo. Zprávu v aplikaci Excel s procentuálním zastoupením všech gaturovaných populací, stejně jako pdf s výsledky gatu a všechny fcs soubory, poskytujeme prostřednictvím Google Drive. U standardních panelů jsou data z Excelu simultánně nahrána do naší online databáze Stanford Data Miner, kde mohou být integrována s dalšími daty HIMC z vaší laboratoře a také s klinickými/demografickými údaji, pokud jsou poskytnuty. Pokyny k používání tohoto systému získáte kliknutím na odkaz nápovědy v levém horním rohu domovské stránky Data Miner.
Statistické konzultace jsou k dispozici prostřednictvím statistické poradenské služby HIMC.
Protokoly
Na stránce Protokoly naleznete podrobné laboratorní protokoly i krátké popisy vhodné pro publikace nebo žádosti o granty.
Další informace:
- Mass Cytometry Review (Trends in Immunology)
- Analýza dat CyTOF v aplikaci FlowJo
.