Citrát-syntáza

articles

articles

proteiny

MechanismEdit

Citrát syntáza má ve svém aktivním místě tři klíčové aminokyseliny (známé jako katalytická triáda), které katalyzují přeměnu acetyl-CoA a oxaloacetátu na citrát a H-SCoA v aldolové kondenzační reakci. Tato přeměna začíná tím, že záporně nabitý kyslíkový atom karboxylátového postranního řetězce Asp-375 deprotonuje alfa atom uhlíku acetyl CoA za vzniku enolátového aniontu, který je následně neutralizován protonací His-274 za vzniku enolového meziproduktu. V tomto okamžiku osamělý pár elektronů epsilonového dusíku na His-274, který vznikl v posledním kroku, abstrahuje hydroxylový enolový proton za vzniku enolátového aniontu, který iniciuje nukleofilní útok na karbonylový uhlík oxaloacetátu, který následně deprotonuje epsilonový atom dusíku His-320. Tato nukleofilní adice vede ke vzniku citroyl-CoA . V tomto okamžiku je molekula vody deprotonována epsilonovým atomem dusíku His-320 a je zahájena hydrolýza. Jeden z osamělých párů kyslíku nukleofilně atakuje karbonylový uhlík citroyl-CoA. Tím se vytvoří tetraedrický meziprodukt a dojde k vyvržení -SCoA jako karbonylu. -SCoA je protonován za vzniku HSCoA. Nakonec se hydroxyl přidaný ke karbonylu v předchozím kroku deprotonuje a vzniká citrát.

Mechanismus citrát syntázy (včetně zúčastněných zbytků)

InhibiceEdit

Enzym je inhibován vysokým poměrem ATP:ADP a NADH:NAD, protože vysoké koncentrace ATP a NADH ukazují, že zásoba energie je pro buňku vysoká. Je také inhibován sukcinyl-CoA a propionyl-CoA, který se podobá acetyl-CoA a působí jako kompetitivní inhibitor vůči acetyl-CoA a nekompetitivní inhibitor vůči oxaloacetátu. Citrát inhibuje reakci a je příkladem inhibice produktu. inhibice citrát-syntázy analogy acetyl-CoA byla rovněž dobře zdokumentována a byla použita k prokázání existence jediného aktivního místa. Tyto experimenty odhalily, že toto jediné místo střídá dvě formy, které se podílejí na ligázové, respektive hydrolázové aktivitě. Tento protein může využívat morfeinový model alosterické regulace

.