V důsledku tohoto vítězství Sparta porazila Athéňany a pokusila se tak vybojovat vlastní říši v Egejském moři. Její vztahy s Persií se zhoršily a začala podnikat nájezdy na Farnabazovy a Tisafernovy satrapie v Anatolii. V roce 397 př. n. l. Farnabás přesvědčil perského krále Artaxerxa, aby vedl válku po moři, a postavil flotilu 300 fénických a kyperských lodí. Co do počtu by byly ohromující, ale potřebovaly zkušeného velitele, a tak na Kypru našly Conona, který se jen těšil na příležitost pomstít se Peloponésanům.
Nejprve se Conon s malou částí flotily přesunul do Karie, kde byl nějakou dobu blokován, ale pak zachráněn Farnabásem a Tissaphernem. Poté se vydal na Rhodos, kde byla prosparťanská oligarchie nahrazena demokracií, a podařilo se mu zmocnit zásob potravin posílaných z Egypta. V reakci na to se Sparťané rozhodli vyslat své námořnictvo, ale udělali chybu, když ho svěřili Peisandrovi, který neměl žádné zkušenosti. Bitva se odehrála u Knidu v roce 394 př. n. l. a znamenala snadný a drtivý perský úspěch. Egejská města vyhnala spartské posádky a přijala perskou nadvládu.
Po tomto úspěchu se Cononovi zdálo bezpečné vrátit se do Athén. Farnabás mu dovolil ponechat si část loďstva a poskytl peníze na opevnění Pirea a rekonstrukci dlouhých hradeb, které ho spojovaly s Athénami. Tyto činy znamenaly, že některé z hlavních výsledků peloponéské války byly zvráceny – Athény znovu získaly postavení hlavní mocnosti v Řecku, a i když o svou říši stále přicházely, Spartě bylo zabráněno v jejím převzetí.
V následujícím roce zahájili Sparťané jednání s Peršany, a aby si zajistili své postavení v Řecku, nabídli jim předání všech měst v Anatolii. Athéňané vyslali své delegáty (mezi nimi i Conona), aby jim oznámili, že je to nepřijatelné, což Tiribazus pochopil tak, že stále doufají, že získají zpět svou říši, a rozhořčen tímto obratem je uvrhl do vězení, mezi nimi i Conona. Starověcí autoři podávají o jeho konci protichůdné zprávy: někteří tvrdí, že byl poslán do nitra Asie a usmrcen; jiné zprávy, pravděpodobně pravděpodobnější, uvádějí, že odešel na Kypr a tam zemřel. Jeho syn Timotheus se později stal dalším významným vojevůdcem.