Simulace molekulární dynamiky (MD) implementovaná s nejmodernějším silovým polem pro proteiny a modelem implicitního rozpouštědla je atraktivním přístupem ke zkoumání skládání proteinů, jednoho z nejzapeklitějších problémů v molekulární biologii. Není však vždy jasné, jak dobře mohou silová pole vyvinutá nezávisle na implicitních modelech rozpouštědel spolupracovat při reprodukci různých nativních struktur proteinů a měření odpovídající termodynamiky skládání. V této práci jsme provedli MD simulace s rozšířeným vzorkováním, abychom posoudili schopnost šesti silových polí AMBER (FF99SBildn, FF99SBnmr, FF12SB, FF14ipq, FF14SB a FF14SBonlysc) ve spojení s nedávno vylepšeným párovým modelem GB-Neck2 při modelování skládání dvou šroubovic a dvou β-listů peptidů. Zatímco většina testovaných silových polí může poskytnout zhruba podobné vlastnosti pro rovnovážné konformační soubory a podrobné profily volné energie při skládání krátkých α-helikálních TC10b v implicitním rozpouštědle, naměřené protějšky se výrazně rozcházejí v případech větších nebo β-strukturovaných peptidů (HP35, 1E0Q a GTT). Kromě toho se vypočtené termodynamické veličiny skládání/rozkládání mohou jen částečně shodovat s experimentálními údaji. Přestože nebyla nalezena kombinace silových polí a implicitního modelu GB-Neck2, která by byla schopna popsat všechny aspekty skládacích přechodů směrem k nativním strukturám všech uvažovaných peptidů, zjistili jsme, že FF14SBonlysc ve spojení s modelem GB-Neck2 se jeví jako přiměřeně vyvážená kombinace pro předpověď preferencí skládání peptidů
.