Nedávné zprávy naznačily, že populace krokodýla kubánského vykazuje známky oživení; početnost populace v bažině Zapata se odhaduje na 3 000 až 6 000 jedinců.
Existují dvě hlavní hrozby: lov a hybridizace, zejména s krokodýlem americkým, která omezuje čistý genofond tohoto druhu. Lov se od 90. let 20. století do současnosti výrazně zvýšil a slouží především turistickému průmyslu nebo pro místní spotřebu. Hybridizace je již dlouho podezřelá, ale nedostatečně prozkoumaná. Nedávné genetické studie poskytují důkazy, že ve volné přírodě dochází k rozsáhlé hybridizaci. Populace v zajetí se vyskytuje ve dvou oblastech (v Zapata Swamp a v Lanier Swamp), ale i u těchto populací existuje silné podezření na hybridní jedince. Ani jedna z těchto hrozeb nebyla vyřešena.
Tento druh je zařazen do přílohy I CITES. Existují také přímá ochranářská opatření, včetně programů chovu v zajetí, reintrodukcí a chráněných území. Nadále dochází k nelegálnímu lovu, proto je nutné další řízení odlovu, aby se snížila míra poklesu populace, ke kterému v současnosti dochází.
Probíhají aktivní opatření, která mají zajistit, aby obě existující populace zůstaly dobře chráněny, ale další důležitou prioritou ochrany je vytvoření alternativní volně žijící populace.